Narzędzia użytkownika

Narzędzia witryny


odra

Różnice

Różnice między wybraną wersją a wersją aktualną.

Odnośnik do tego porównania

Both sides previous revision Poprzednia wersja
Nowa wersja
Poprzednia wersja
odra [2013/09/10 22:20]
zozlak
odra [2014/10/09 10:24] (aktualna)
zozlak [Dostępne oprogramowanie]
Linia 6: Linia 6:
    * 16 rdzeni po 2.7 GHz    * 16 rdzeni po 2.7 GHz
    * 64 GB RAM-u    * 64 GB RAM-u
-   * <​del>​wirtualizowane Windows 7, którym można w miarę potrzeby użyczyć powyższych zasobów</​del>​ 
  
 ===== Dostępne oprogramowanie ===== ===== Dostępne oprogramowanie =====
-   * R 3.0 +   * R 3.1 
-   * Stata 12 - niestety tylko 1-rdzeniowa;​ +   * Stata 13 
-   * Mplus 7 - w porozumieniu z Tomkiem Żółtakiem (bo to jego prywatny) +   * Mplus 7.3 
-   ​* ​OpenBugs ​3.2.2 +   ​* ​Jags 3.4.0
-   * Pod wirtualizowanym Windows 7: +
-     * R 3.0 +
-     * Stata 12 - niestety tylko 1-rdzeniową +
-     * co tak kto jeszcze wgrał+
  
 ====== Dostęp ====== ====== Dostęp ======
Linia 28: Linia 23:
 **Aby korzystać z serwera niezbędne jest założenie konta** - w tym celu skontaktuj się z Mateuszem Żółtakiem (m.zoltak@ibe.edu.pl) **Aby korzystać z serwera niezbędne jest założenie konta** - w tym celu skontaktuj się z Mateuszem Żółtakiem (m.zoltak@ibe.edu.pl)
  
-===== Jak połączyć się przez SSH? =====+====== Jak korzystać z serwera ​przez SSH/SFTP======
  
-==== Pod Windowsami ====+Poniżej znajduje się zestaw porad dla początkujących użytkowników.
  
-  * Ściągnij klienta SSH, np. program [[http://​www.chiark.greenend.org.uk/​~sgtatham/​putty/​download.html|putty]] +===== Problemy wynikające różnic między systemami operacyjnymi =====
-  * Zdefiniuj połączenie (tylko przy pierwszym uruchomieniu):​ +
-    * //Host name// "​ibe.edu.pl",​ +
-    * //Port// "​7122",​ +
-    * //​Connection type// "​SSH"​ +
-    * Na liście po lewej wybierz //​Windows->​Translation//,​ a następnie ​listy rozwijalnej //Remote character set// "​UTF-8"​ +
-    * Wróć do pierwszego ekranu (//​Session//​ na liście po lewej) +
-    * W pole "Saved sessions"​ wpisz nazwę, pod jaką chcesz zapisać to połączenie (np. //odra//), a następnie zapisz ustawienia przyciskiem "​Save"​. +
-  * Połącz się z serwerem klikając dwukrotnie w zapisane połączenie na liście "Saved sessions"​ +
-  * Wpisz swój login +
-  * Wpisz hasło+
  
-==== Pod linuksem ​====+Odra działa pod linuksem, który od Windowsów różni się w kilku uciążliwych szczegółach:​ 
 +  * [[znaki_nowej_linii|sposobem zapisu znaków końca nowej linii]]; 
 +  * [[kodowanie_znakow|kodowaniem znaków narodowych]];​ 
 +  * [[notacja sciezek|sposobem notowania ścieżek do plików]]. 
 +Aby bezproblemowo przenosić i wykonywać skrypty pomiędzy swoim komputerem a odrą, trzeba zdawać sobie sprawę z tych różnic i stosownie je przygotowywać.
  
-  * Z konsoli wydaj komendę<​code>​ssh -p 7122 TwójLogin@ibe.edu.pl</​code>​ +===== Podstawowe czynności =====
-  * Wpisz hasło+
  
-===== Jak uruchamiać programy? =====+  * [[polaczenie_ssh|Łączenie się przez SSH]] 
 +    * [[konsola_kopiowanie|Kopiowanie i wklejanie na konsoli]] 
 +    * [[konsola_autouzupelnianie|Autouzupełnianie na konsoli]] 
 +    * [[konsola_znaki_specjalne|Wprowadzanie znaków specjalnych (spacji, cudzysłowów,​ itp.) na konsoli]]
  
-Co do zasady wystarczy wpisać nazwę programu, np.<​code>​Stata +  * [[sftp|Przesyłanie plików i katalogów przez SFTP]] 
-OpenBUGS +  * [[operacje_na_plikach|Operacje na plikach i katalogach na serwerze]]
-mplus</​code>​+
  
-Z innych przydatnych komend dostępnych na konsoli: +  ​[[konsola_pomoc|Uzyskiwanie pomocy ​na konsoli]]
-  ​//ls//, //ls -l//, //ls NazwaKatalogu//​ - listuje pliki i katalogi +
-  * //cd NazwaKatalogu//​ - zmienia katalog roboczy (//..// oznacza "​katalog wyżej"​) +
-  * //rm NazwaPliku//​ - usuwa plik +
-  * //rm -fR NazwaKatalogu//​ - usuwa katalog +
-  * //mkdir NazwaKatalogu//​ - tworzy katalog +
-  * //cp NazwaPliku NazwaCelu// - kopiuje pliki +
-  * //cp -R NazwaPliku NazwaCelu// - kopiuje katalog z całą zawartością +
-  * //mv NazwaPliku NazwaCelu// - przenosi pliki/​katalogi +
-  * //less NazwaPliku//​ - przegląda plik tylko do odczytu +
-    * strzałkami,​ PgUp, PgDn można przesuwać się w pliku +
-    * //q// wraca do konsoli +
-    * //:​NumerLinii//​ przechodzi do wskazanej linii +
-    * ///szukaj// wyszukuje frazę "​szukaj"​ w pliku +
-  * //nano NazwaPliku//​ - przyjazny edytor tekstu +
-  * //vi NazwaPliku//,​ //emacs NazwaPliku//​ - hackerskie edytory tekstu :) +
-Pisząc <​code>​man Komenda</​code>​ można obejrzeć pomoc dla danego programu (wychodzi się z niej klawiszem //q//). +
-Więcej o korzystaniu z konsoli można łatwo znaleźć w googlu.+
  
-===== Jak przesłać pliki przez SFTP? =====+  * [[uruchamianie_programow|Uruchamianie programów]] 
 +    * [[screen|Uruchamianie programów tak, by nie kończyły działania wraz z zamknięciem sesji SSH]] 
 +    * [[konczenie_dzialania_programow|Kończenie działania programów]] 
 +    * [[zuzycie_zasobow|Obserwowanie zużycia zasobów]] 
 +    * [[konsola_skrypty|Uruchamianie kilku poleceń jedno po drugim]] 
 +    * [[powiadomienia_mailem|Powiadamianie o zakończeniu pracy programu mailem/​sms-em]]
  
-Aby przesłać pliki przez SFTP należy skorzystać z programu obsługującego ten protokół, np. [[http://​winscp.net/​eng/​download.php|WinSCP]] lub [[https://​filezilla-project.org/​download.php?​type=client|FileZilla]]. +  * [[edycja_plikow|Edycja ​plików]]
- +
-Dane połączenia (serwer, port, login, hasło) są takie same, jak przy połączeniu SSH. +
- +
-Programy te działają, jak każdy program do przesyłania ​plików ​- po jednej stronie mamy pliki na naszym komputerze, po drugiej na serwerze, przeciągają pliki i katalogi pomiędzy lewą i prawą stroną przesyłamy je na serwer lub z serwera. +
- +
-===== Jak uruchomić obliczenia, by nie zostały przerwane w momencie zakończenia sesji SSH? ===== +
- +
-Wraz z zamknięciem połączenia SSH zamykane są wszystkie programy, które zostały w nim uruchomione. Aby się tak nie działo, należy //​odłączyć//​ uruchamiany program od połączenia SSH. Służy do tego program **screen**. +
- +
-==== Uruchamianie programu screen ==== +
- +
-  * Aby otworzyć sesję programu **screen** wpisz po prostu komendę<​code>​screen</​code>​ +
-  * Wyświetlony zostanie ekran z informacjami o programie, który można zamknąć naciskając //spację// lub //​enter//​. +
-  * W tym momencie wyświetlana jest zwyczajna konsola umożliwiająca wydawanie komend i uruchamianie programów, z tą różnicą, że **nawet po zamknięciu połączenia SSH uruchomione programy będą dalej działać**. +
- +
-==== Opuszczanie programu screen ==== +
- +
-  * Sesję programu **screen** można w każdej chwili opuścić wracając do "​pierwotnej"​ konsoli, z którą połączyliśmy się przez SSH (oczywiście wszystkie uruchomione w sesji **screen** programy będą nadal działać). +
-    * Aby to zrobić, naciśnij kominację klawiszy //CTRL+A//, a następnie klawisz //D//. +
-  * Aby na dobre zakończyć sesję programu **screen** wydaj będąc w tej sesji komendę<​code>​exit</​code>​ +
- +
-==== Wracanie do sesji programu screen ==== +
- +
-  * Do opuszczonej sesji programu **screen** można w każdej chwili wrócić wydając komendę<​code>​screen -r</​code>​ +
-  * Jeśli uruchomiłeś kilka sesji programu **screen** i nie będzie jednoznaczne,​ do której z nich chcesz wrócić, wyświetlona zostanie lista dostępnych sesji, identyfikowanych numerami, podobna do tej<​code>​There are several suitable screens on: +
- 13080.pts-1.localhost (09.06.2013 16:​32:​24) (Detached) +
- 13035.pts-1.localhost (09.06.2013 16:​32:​21) (Detached) +
- 12897.pts-1.localhost (09.06.2013 16:​31:​42) (Detached) +
-Type "​screen [-d-r [pid.]tty.host"​ to resume one of them. +
-</​code>​. Aby wrócić do wybranej sesji należy wydać komendę<​code>​screen -r NumerSesji</​code>​np.,​ odnosząc się do powyższego przykładu<​code>​screen -r 13080</​code>​ +
-   * Jeśli sesja programu **screen** została zerwana w tragicznych okolicznościach (np. poprzez zerwanie połączenia z internetem),​ a nie poprzez kulturalne odłączenie się od niej sekwencją //CTRL+A//, //D//, wtedy aby powrócić do zerwanej sesji niezbędne będzie najpierw jej odłączenie od poprzedniego,​ utraconego połączenia. Służy do tego komenda <​code>​screen -D</​code>,​ przy czym jeśli uruchomionych sesji **screen** jest wiele, trzeba będzie jeszcze wskazać jej numer, analogicznie jak w poprzednim punkcie, np.<​code>​screen -D 13080</​code>​. Po wykonaniu tej czynności można powrócić do sesji za pomocą <​code>​screen -r</​code>​ (patrz punkt wyżej). +
- +
-====== Dostęp do wirtualizowanych Windows 7 ====== +
- +
-<​del>​Do wirtualki z Windows 7 można się dostać na dwa sposoby:</​del>​ +
-  - <​del>​przez RDP (a więc w szczególności //pulpit zdalny Windows//​)</​del>​ +
-    * <​del>​pod adresem 10.0.1.71</​del>​ +
-    * <​del>​tylko z sieci lokalnej IBE (trzeba być w IBE lub połączyć się z siecią lokalną IBE przez VPN)</​del>​ +
-  - <​del>​przez VNC \\ tunelując przez SSH (patrz opis dostępu przez SSH w poprzednim rozdziale) port 5900 serwera obliczeniowego na komputer lokalny, a następnie łącząc się przez VNC z adresem 127.0.0.1:​5901</​del>​ +
-    * <​del>​pod linuksem: <​code>​ssh -L 5901:​127.0.0.1:​5900 -p 7122 TwójLogin@ibe.edu.pl</​code></​del>​ +
-    * <​del>​w Putty-m</​del>​ +
-      * <​del>​w drzewku po lewej stronie odszukać //​Connection->​SSH->​Tunnels//</​del>​ +
-      * <​del>​wpisać w pole "​source port" wartość "​5901",​ w pole "​destination"​ wartość "​127.0.0.1:​5900"​ i zdefiniować tunel przyciskiem "​add"</​del>​ +
-      * <​del>​pozostałe ustawienia, jak w wypadku zwykłego połączenia opisanego w poprzednim rozdziale</​del>​ +
- +
-<​del>​Klienta VNC i/lub RDP można bez problemu znaleźć za pomocą googla (w szczególności zaś //pulpit zdalny Windows// jest klientem RDP).</​del>​+
  
 ====== Uwagi do oprogramowania ====== ====== Uwagi do oprogramowania ======
  
-===== Mplus ===== +  * [[Mplus]] 
- +  * [[JAGS]]
-  ​- Aby skorzystać z wielordzeniowości w Mplusie pod linuksem, należy dopisać do sekcji ​**ANALYSIS** pliku //.inp// polecenie <​code>​PROCESSORS IS liczbaRdzeni;</​code>​ +
-  - Testy wykazały, że zwiększanie liczby rdzeni ponad 5 nie daje już prawie żadnego skrócenia czasu wykonywania obliczeń i **optymalna liczba rdzeni to od 3 do 5** (co pozwala skrócić czas obliczeń, podczas których Mplus wykorzystuje wielordzeniowość do, odpowiednio ok. 55%, 44%, 38% czasu ich wykonywania na jednym rdzeniu) +
- +
-====== Wysyłanie maila powiadamiającego o końcu obliczeń ======+
  
-Aby przesłać sobie powiadomienie o zakończeniu obliczeń mailem należy wywołać na konsoli program //mail//, korzystające ze stosownego polecenia w używanym programie statystycznym,​ np. 
-  * w //​R//<​code>​system("​echo 'tresc maila' | mail -s 'temat wiadomosci'​ adres@email"​)</​code>​ 
-  * w Stacie<​code>​! echo 'tresc maila' | mail -s 'temat wiadomosci'​ adres@email</​code>​ 
-  * w Mplus-ie - wywołać Mplus-a komendą<​code>​mplus plikWsadowy;​ echo 'tresc maila' | mail -s 'temat wiadomosci'​ adres@email</​code>​ 
odra.1378844411.txt.gz · ostatnio zmienione: 2013/09/10 22:20 przez zozlak