To jest stara wersja strony!
Dostępne zasoby i oprogramowanie
IBE dysponuje serwerem dedykowanym do obliczeń.
Zasoby
Dostępne oprogramowanie
R 3.0
Stata 12 - niestety tylko 1-rdzeniowa;
Mplus 7 - w porozumieniu z Tomkiem Żółtakiem (bo to jego prywatny)
OpenBugs 3.2.2
Pod wirtualizowanym Windows 7:
Dostęp
Serwer działa pod linuksem i nie udostępnia żadnego graficznego interfejsu użytkownika .
Dostęp jest możliwy poprzez:
Aby korzystać z serwera niezbędne jest założenie konta - w tym celu skontaktuj się z Mateuszem Żółtakiem (m.zoltak@ibe.edu.pl)
Jak połączyć się przez SSH?
Pod Windowsami
Pod linuksem
Z konsoli wydaj komendę
ssh -p 7122 TwójLogin@ibe.edu.pl
Wpisz hasło
Jak uruchamiać programy?
Co do zasady wystarczy wpisać nazwę programu, np.
Stata
OpenBUGS
mplus
Z innych przydatnych komend dostępnych na konsoli:
ls, ls -l, ls NazwaKatalogu - listuje pliki i katalogi
cd NazwaKatalogu - zmienia katalog roboczy (.. oznacza „katalog wyżej”)
rm NazwaPliku - usuwa plik
rm -fR NazwaKatalogu - usuwa katalog
mkdir NazwaKatalogu - tworzy katalog
cp NazwaPliku NazwaCelu - kopiuje pliki
cp -R NazwaPliku NazwaCelu - kopiuje katalog z całą zawartością
mv NazwaPliku NazwaCelu - przenosi pliki/katalogi
less NazwaPliku - przegląda plik tylko do odczytu
strzałkami, PgUp, PgDn można przesuwać się w pliku
q wraca do konsoli
:NumerLinii przechodzi do wskazanej linii
/szukaj wyszukuje frazę „szukaj” w pliku
nano NazwaPliku - przyjazny edytor tekstu
vi NazwaPliku, emacs NazwaPliku - hackerskie edytory tekstu :)
Pisząc
man Komenda
można obejrzeć pomoc dla danego programu (wychodzi się z niej klawiszem q).
Więcej o korzystaniu z konsoli można łatwo znaleźć w googlu.
Jak przesłać pliki przez SFTP?
Aby przesłać pliki przez SFTP należy skorzystać z programu obsługującego ten protokół, np. WinSCP lub FileZilla.
Dane połączenia (serwer, port, login, hasło) są takie same, jak przy połączeniu SSH.
Programy te działają, jak każdy program do przesyłania plików - po jednej stronie mamy pliki na naszym komputerze, po drugiej na serwerze, przeciągają pliki i katalogi pomiędzy lewą i prawą stroną przesyłamy je na serwer lub z serwera.
Jak uruchomić obliczenia, by nie zostały przerwane w momencie zakończenia sesji SSH?
Wraz z zamknięciem połączenia SSH zamykane są wszystkie programy, które zostały w nim uruchomione. Aby się tak nie działo, należy odłączyć uruchamiany program od połączenia SSH. Służy do tego program screen.
Uruchamianie programu screen
Aby otworzyć sesję programu
screen wpisz po prostu komendę
screen
Wyświetlony zostanie ekran z informacjami o programie, który można zamknąć naciskając spację lub enter.
W tym momencie wyświetlana jest zwyczajna konsola umożliwiająca wydawanie komend i uruchamianie programów, z tą różnicą, że nawet po zamknięciu połączenia SSH uruchomione programy będą dalej działać.
Opuszczanie programu screen
Wracanie do sesji programu screen
Do opuszczonej sesji programu
screen można w każdej chwili wrócić wydając komendę
screen -r
Jeśli uruchomiłeś kilka sesji programu
screen i nie będzie jednoznaczne, do której z nich chcesz wrócić, wyświetlona zostanie lista dostępnych sesji, identyfikowanych numerami, podobna do tej
There are several suitable screens on:
13080.pts-1.localhost (09.06.2013 16:32:24) (Detached)
13035.pts-1.localhost (09.06.2013 16:32:21) (Detached)
12897.pts-1.localhost (09.06.2013 16:31:42) (Detached)
Type "screen [-d] -r [pid.]tty.host" to resume one of them.
. Aby wrócić do wybranej sesji należy wydać komendę
screen -r NumerSesji
np., odnosząc się do powyższego przykładu
screen -r 13080
Jeśli sesja programu
screen została zerwana w tragicznych okolicznościach (np. poprzez zerwanie połączenia z internetem), a nie poprzez kulturalne odłączenie się od niej sekwencją
CTRL+A,
D, wtedy aby powrócić do zerwanej sesji niezbędne będzie najpierw jej odłączenie od poprzedniego, utraconego połączenia. Służy do tego komenda
screen -D
, przy czym jeśli uruchomionych sesji screen jest wiele, trzeba będzie jeszcze wskazać jej numer, analogicznie jak w poprzednim punkcie, np.
screen -D 13080
. Po wykonaniu tej czynności można powrócić do sesji za pomocą
screen -r
(patrz punkt wyżej).
Dostęp do wirtualizowanych Windows 7
Do wirtualki z Windows 7 można się dostać na dwa sposoby:
przez RDP (a więc w szczególności pulpit zdalny Windows)
przez VNC
tunelując przez SSH (patrz opis dostępu przez SSH w poprzednim rozdziale) port 5900 serwera obliczeniowego na komputer lokalny, a następnie łącząc się przez VNC z adresem 127.0.0.1:5901
Klienta VNC i/lub RDP można bez problemu znaleźć za pomocą googla (w szczególności zaś pulpit zdalny Windows jest klientem RDP).
Uwagi do oprogramowania
Mplus
Aby skorzystać z wielordzeniowości w Mplusie pod linuksem, należy dopisać do sekcji
ANALYSIS pliku
.inp polecenie
PROCESSORS IS liczbaRdzeni;
Testy wykazały, że zwiększanie liczby rdzeni ponad 5 nie daje już prawie żadnego skrócenia czasu wykonywania obliczeń i optymalna liczba rdzeni to od 3 do 5 (co pozwala skrócić czas obliczeń, podczas których Mplus wykorzystuje wielordzeniowość do, odpowiednio ok. 55%, 44%, 38% czasu ich wykonywania na jednym rdzeniu)
Wysyłanie maila powiadamiającego o końcu obliczeń
Aby przesłać sobie powiadomienie o zakończeniu obliczeń mailem należy wywołać na konsoli program mail, korzystające ze stosownego polecenia w używanym programie statystycznym, np.
w
Rsystem("echo 'tresc maila' | mail -s 'temat wiadomosci' adres@email")
w Stacie
! echo 'tresc maila' | mail -s 'temat wiadomosci' adres@email
w Mplus-ie - wywołać Mplus-a komendą
mplus plikWsadowy; echo 'tresc maila' | mail -s 'temat wiadomosci' adres@email