IBE dysponuje serwerem dedykowanym do obliczeń.

• 16 rdzeni po 2.7 GHz
• 64 GB RAM-u
• wirtualizowane Windows 7, którym można w miarę potrzeby użyczyć powyższych zasobów

• R 3.0
• Stata 12 - niestety tylko 1-rdzeniowa;
• Mplus 7 - w porozumieniu z Tomkiem Żółtakiem (bo to jego prywatny)
• OpenBugs 3.2.2
• Pod wirtualizowanym Windows 7:
  • R 3.0
  • Stata 12 - niestety tylko 1-rdzeniową
  • co tak kto jeszcze wgrał

Serwer działa pod linuksem i nie udostępnia żadnego graficznego interfejsu użytkownika .

Dostęp jest możliwy poprzez:

• poprzez SSH/SFTP
• R także przez www - https://rstudio.ibe.edu.pl

Aby korzystać z serwera niezbędne jest założenie konta - w tym celu skontaktuj się z Mateuszem Żółtakiem (m.zoltak@ibe.edu.pl)

• Ściągnij klienta SSH, np. program putty
• Zdefiniuj połączenie (tylko przy pierwszym uruchomieniu):
  • Host name „ibe.edu.pl”,
  • Port „7122”,
  • Connection type „SSH”
  • Na liście po lewej wybierz Windows→Translation, a następnie z listy rozwijalnej Remote character set „UTF-8”
  • Wróć do pierwszego ekranu (Session na liście po lewej)
  • W pole „Saved sessions” wpisz nazwę, pod jaką chcesz zapisać to połączenie (np. odra), a następnie zapisz ustawienia przyciskiem „Save”.
• Połącz się z serwerem klikając dwukrotnie w zapisane połączenie na liście „Saved sessions”
• Wpisz swój login
• Wpisz hasło

• Z konsoli wydaj komendę

  ssh -p 7122 TwójLogin@ibe.edu.pl

• Wpisz hasło

Co do zasady wystarczy wpisać nazwę programu, np.

Stata
OpenBUGS
mplus

Z innych przydatnych komend dostępnych na konsoli:

• ls, ls -l, ls NazwaKatalogu - listuje pliki i katalogi
• cd NazwaKatalogu - zmienia katalog roboczy (.. oznacza „katalog wyżej”)
• rm NazwaPliku - usuwa plik
• rm -fR NazwaKatalogu - usuwa katalog
• mkdir NazwaKatalogu - tworzy katalog
• cp NazwaPliku NazwaCelu - kopiuje pliki
• cp -R NazwaPliku NazwaCelu - kopiuje katalog z całą zawartością
• mv NazwaPliku NazwaCelu - przenosi pliki/katalogi
• less NazwaPliku - przegląda plik tylko do odczytu
  • strzałkami, PgUp, PgDn można przesuwać się w pliku
  • q wraca do konsoli
  • :NumerLinii przechodzi do wskazanej linii
  • /szukaj wyszukuje frazę „szukaj” w pliku
• nano NazwaPliku - przyjazny edytor tekstu
• vi NazwaPliku, emacs NazwaPliku - hackerskie edytory tekstu :)

Pisząc

man Komenda

można obejrzeć pomoc dla danego programu (wychodzi się z niej klawiszem q). Więcej o korzystaniu z konsoli można łatwo znaleźć w googlu.

Aby przesłać pliki przez SFTP należy skorzystać z programu obsługującego ten protokół, np. WinSCP lub FileZilla.

Dane połączenia (serwer, port, login, hasło) są takie same, jak przy połączeniu SSH.

Programy te działają, jak każdy program do przesyłania plików - po jednej stronie mamy pliki na naszym komputerze, po drugiej na serwerze, przeciągają pliki i katalogi pomiędzy lewą i prawą stroną przesyłamy je na serwer lub z serwera.

Wraz z zamknięciem połączenia SSH zamykane są wszystkie programy, które zostały w nim uruchomione. Aby się tak nie działo, należy odłączyć uruchamiany program od połączenia SSH. Służy do tego program screen.

• Aby otworzyć sesję programu screen wpisz po prostu komendę

  screen

• Wyświetlony zostanie ekran z informacjami o programie, który można zamknąć naciskając spację lub enter.
• W tym momencie wyświetlana jest zwyczajna konsola umożliwiająca wydawanie komend i uruchamianie programów, z tą różnicą, że nawet po zamknięciu połączenia SSH uruchomione programy będą dalej działać.

• Sesję programu screen można w każdej chwili opuścić wracając do „pierwotnej” konsoli, z którą połączyliśmy się przez SSH (oczywiście wszystkie uruchomione w sesji screen programy będą nadal działać).
  • Aby to zrobić, naciśnij kominację klawiszy CTRL+A, a następnie klawisz D.
• Aby na dobre zakończyć sesję programu screen wydaj będąc w tej sesji komendę

  exit

• Do opuszczonej sesji programu screen można w każdej chwili wrócić wydając komendę

  screen -r

• Jeśli uruchomiłeś kilka sesji programu screen i nie będzie jednoznaczne, do której z nich chcesz wrócić, wyświetlona zostanie lista dostępnych sesji, identyfikowanych numerami, podobna do tej

  There are several suitable screens on:
  	13080.pts-1.localhost	(09.06.2013 16:32:24)	(Detached)
  	13035.pts-1.localhost	(09.06.2013 16:32:21)	(Detached)
  	12897.pts-1.localhost	(09.06.2013 16:31:42)	(Detached)
  Type "screen [-d] -r [pid.]tty.host" to resume one of them.

  . Aby wrócić do wybranej sesji należy wydać komendę

  screen -r NumerSesji

  np., odnosząc się do powyższego przykładu

  screen -r 13080

• Jeśli sesja programu screen została zerwana w tragicznych okolicznościach (np. poprzez zerwanie połączenia z internetem), a nie poprzez kulturalne odłączenie się od niej sekwencją CTRL+A, D, wtedy aby powrócić do zerwanej sesji niezbędne będzie najpierw jej odłączenie od poprzedniego, utraconego połączenia. Służy do tego komenda

  screen -D

  , przy czym jeśli uruchomionych sesji screen jest wiele, trzeba będzie jeszcze wskazać jej numer, analogicznie jak w poprzednim punkcie, np.

  screen -D 13080

  . Po wykonaniu tej czynności można powrócić do sesji za pomocą

  screen -r

  (patrz punkt wyżej).

Do wirtualki z Windows 7 można się dostać na dwa sposoby:

1. przez RDP (a więc w szczególności pulpit zdalny Windows)
   • pod adresem 10.0.1.71
   • tylko z sieci lokalnej IBE (trzeba być w IBE lub połączyć się z siecią lokalną IBE przez VPN)
2. przez VNC
   tunelując przez SSH (patrz opis dostępu przez SSH w poprzednim rozdziale) port 5900 serwera obliczeniowego na komputer lokalny, a następnie łącząc się przez VNC z adresem 127.0.0.1:5901
   • pod linuksem: <code>ssh -L 5901:127.0.0.1:5900 -p 7122 TwójLogin@ibe.edu.pl</code>
   • w Putty-m
     • w drzewku po lewej stronie odszukać Connection→SSH→Tunnels
     • wpisać w pole „source port” wartość „5901”, w pole „destination” wartość „127.0.0.1:5900” i zdefiniować tunel przyciskiem „add”
     • pozostałe ustawienia, jak w wypadku zwykłego połączenia opisanego w poprzednim rozdziale

Klienta VNC i/lub RDP można bez problemu znaleźć za pomocą googla (w szczególności zaś pulpit zdalny Windows jest klientem RDP).

1. Aby skorzystać z wielordzeniowości w Mplusie pod linuksem, należy dopisać do sekcji ANALYSIS pliku .inp polecenie

   PROCESSORS IS liczbaRdzeni;

2. Testy wykazały, że zwiększanie liczby rdzeni ponad 5 nie daje już prawie żadnego skrócenia czasu wykonywania obliczeń i optymalna liczba rdzeni to od 3 do 5 (co pozwala skrócić czas obliczeń, podczas których Mplus wykorzystuje wielordzeniowość do, odpowiednio ok. 55%, 44%, 38% czasu ich wykonywania na jednym rdzeniu)

Aby przesłać sobie powiadomienie o zakończeniu obliczeń mailem należy wywołać na konsoli program mail, korzystające ze stosownego polecenia w używanym programie statystycznym, np.

• w R

  system("echo 'tresc maila' | mail -s 'temat wiadomosci' adres@email")

• w Stacie

  ! echo 'tresc maila' | mail -s 'temat wiadomosci' adres@email

• w Mplus-ie - wywołać Mplus-a komendą

  mplus plikWsadowy; echo 'tresc maila' | mail -s 'temat wiadomosci' adres@email