Narzędzia użytkownika

Narzędzia witryny


odra

To jest stara wersja strony!


Dostępne zasoby i oprogramowanie

IBE dysponuje serwerem dedykowanym do obliczeń.

Zasoby

  • 16 rdzeni po 2.7 GHz
  • 64 GB RAM-u
  • wirtualizowane Windows 7, którym można w miarę potrzeby użyczyć powyższych zasobów

Dostępne oprogramowanie

  • R 3.0
  • Stata 12 - niestety tylko 1-rdzeniowa;
  • Mplus 7 - w porozumieniu z Tomkiem Żółtakiem (bo to jego prywatny)
  • OpenBugs 3.2.2
  • Pod wirtualizowanym Windows 7:
    • R 3.0
    • Stata 12 - niestety tylko 1-rdzeniową
    • co tak kto jeszcze wgrał

Dostęp

Serwer działa pod linuksem i nie udostępnia żadnego graficznego interfejsu użytkownika .

Dostęp jest możliwy poprzez:

Aby korzystać z serwera niezbędne jest założenie konta - w tym celu skontaktuj się z Mateuszem Żółtakiem (m.zoltak@ibe.edu.pl)

Jak połączyć się przez SSH?

Pod Windowsami

  • Ściągnij klienta SSH, np. program putty
  • Zdefiniuj połączenie (tylko przy pierwszym uruchomieniu):
    • Host name „ibe.edu.pl”,
    • Port „7122”,
    • Connection type „SSH”
    • Na liście po lewej wybierz Windows→Translation, a następnie z listy rozwijalnej Remote character set „UTF-8”
    • Wróć do pierwszego ekranu (Session na liście po lewej)
    • W pole „Saved sessions” wpisz nazwę, pod jaką chcesz zapisać to połączenie (np. odra), a następnie zapisz ustawienia przyciskiem „Save”.
  • Połącz się z serwerem klikając dwukrotnie w zapisane połączenie na liście „Saved sessions”
  • Wpisz swój login
  • Wpisz hasło

Pod linuksem

  • Z konsoli wydaj komendę
    ssh -p 7122 TwójLogin@ibe.edu.pl
  • Wpisz hasło

Jak uruchamiać programy?

Co do zasady wystarczy wpisać nazwę programu, np.

Stata
OpenBUGS
mplus

Z innych przydatnych komend dostępnych na konsoli:

  • ls, ls -l, ls NazwaKatalogu - listuje pliki i katalogi
  • cd NazwaKatalogu - zmienia katalog roboczy (.. oznacza „katalog wyżej”)
  • rm NazwaPliku - usuwa plik
  • rm -fR NazwaKatalogu - usuwa katalog
  • mkdir NazwaKatalogu - tworzy katalog
  • cp NazwaPliku NazwaCelu - kopiuje pliki
  • cp -R NazwaPliku NazwaCelu - kopiuje katalog z całą zawartością
  • mv NazwaPliku NazwaCelu - przenosi pliki/katalogi
  • less NazwaPliku - przegląda plik tylko do odczytu
    • strzałkami, PgUp, PgDn można przesuwać się w pliku
    • q wraca do konsoli
    • :NumerLinii przechodzi do wskazanej linii
    • /szukaj wyszukuje frazę „szukaj” w pliku
  • nano NazwaPliku - przyjazny edytor tekstu
  • vi NazwaPliku, emacs NazwaPliku - hackerskie edytory tekstu :)

Pisząc

man Komenda

można obejrzeć pomoc dla danego programu (wychodzi się z niej klawiszem q). Więcej o korzystaniu z konsoli można łatwo znaleźć w googlu.

Jak przesłać pliki przez SFTP?

Aby przesłać pliki przez SFTP należy skorzystać z programu obsługującego ten protokół, np. WinSCP lub FileZilla.

Dane połączenia (serwer, port, login, hasło) są takie same, jak przy połączeniu SSH.

Programy te działają, jak każdy program do przesyłania plików - po jednej stronie mamy pliki na naszym komputerze, po drugiej na serwerze, przeciągają pliki i katalogi pomiędzy lewą i prawą stroną przesyłamy je na serwer lub z serwera.

Jak uruchomić obliczenia, by nie zostały przerwane w momencie zakończenia sesji SSH?

Wraz z zamknięciem połączenia SSH zamykane są wszystkie programy, które zostały w nim uruchomione. Aby się tak nie działo, należy odłączyć uruchamiany program od połączenia SSH. Służy do tego program screen.

Uruchamianie programu screen

  • Aby otworzyć sesję programu screen wpisz po prostu komendę
    screen
  • Wyświetlony zostanie ekran z informacjami o programie, który można zamknąć naciskając spację lub enter.
  • W tym momencie wyświetlana jest zwyczajna konsola umożliwiająca wydawanie komend i uruchamianie programów, z tą różnicą, że nawet po zamknięciu połączenia SSH uruchomione programy będą dalej działać.

Opuszczanie programu screen

  • Sesję programu screen można w każdej chwili opuścić wracając do „pierwotnej” konsoli, z którą połączyliśmy się przez SSH (oczywiście wszystkie uruchomione w sesji screen programy będą nadal działać).
    • Aby to zrobić, naciśnij kominację klawiszy CTRL+A, a następnie klawisz D.
  • Aby na dobre zakończyć sesję programu screen wydaj będąc w tej sesji komendę
    exit

Wracanie do sesji programu screen

  • Do opuszczonej sesji programu screen można w każdej chwili wrócić wydając komendę
    screen -r
  • Jeśli uruchomiłeś kilka sesji programu screen i nie będzie jednoznaczne, do której z nich chcesz wrócić, wyświetlona zostanie lista dostępnych sesji, identyfikowanych numerami, podobna do tej
    There are several suitable screens on:
    	13080.pts-1.localhost	(09.06.2013 16:32:24)	(Detached)
    	13035.pts-1.localhost	(09.06.2013 16:32:21)	(Detached)
    	12897.pts-1.localhost	(09.06.2013 16:31:42)	(Detached)
    Type "screen [-d] -r [pid.]tty.host" to resume one of them.

    . Aby wrócić do wybranej sesji należy wydać komendę

    screen -r NumerSesji

    np., odnosząc się do powyższego przykładu

    screen -r 13080

Dostęp do wirtualizowanych Windows 7

Do wirtualki z Windows 7 można się dostać na dwa sposoby:

  1. przez RDP (a więc w szczególności pulpit zdalny Windows)
    • pod adresem 10.0.1.71
    • tylko z sieci lokalnej IBE (trzeba być w IBE lub połączyć się z siecią lokalną IBE przez VPN)
  2. przez VNC
    tunelując przez SSH (patrz opis dostępu przez SSH w poprzednim rozdziale) port 5900 serwera obliczeniowego na komputer lokalny, a następnie łącząc się przez VNC z adresem 127.0.0.1:5901
    • pod linuksem:
      ssh -L 5901:127.0.0.1:5900 -p 7122 TwójLogin@ibe.edu.pl
    • w Putty-m
      • w drzewku po lewej stronie odszukać Connection→SSH→Tunnels
      • wpisać w pole „source port” wartość „5901”, w pole „destination” wartość „127.0.0.1:5900” i zdefiniować tunel przyciskiem „add”
      • pozostałe ustawienia, jak w wypadku zwykłego połączenia opisanego w poprzednim rozdziale

Klienta VNC i/lub RDP można bez problemu znaleźć za pomocą googla (w szczególności zaś pulpit zdalny Windows jest klientem RDP).

Uwagi do oprogramowania

Mplus

  1. Aby skorzystać z wielordzeniowości w Mplusie pod linuksem, należy dopisać do sekcji ANALYSIS pliku .inp polecenie
    PROCESSORS IS liczbaRdzeni;
  2. Testy wykazały, że zwiększanie liczby rdzeni ponad 5 nie daje już prawie żadnego skrócenia czasu wykonywania obliczeń i optymalna liczba rdzeni to od 3 do 5 (co pozwala skrócić czas obliczeń, podczas których Mplus wykorzystuje wielordzeniowość do, odpowiednio ok. 55%, 44%, 38% czasu ich wykonywania na jednym rdzeniu)

Wysyłanie maila powiadamiającego o końcu obliczeń

Aby przesłać sobie powiadomienie o zakończeniu obliczeń mailem należy wywołać na konsoli program mail, korzystające ze stosownego polecenia w używanym programie statystycznym, np.

  • w R
    system("echo 'tresc maila' | mail -s 'temat wiadomosci' adres@email")
  • w Stacie
    ! echo 'tresc maila' | mail -s 'temat wiadomosci' adres@email
odra.1373629374.txt.gz · ostatnio zmienione: 2013/07/12 13:42 przez zozlak