Zespół Pomiaru Dydaktycznego

Ta strona jest tylko do odczytu. Możesz wyświetlić źródła tej strony ale nie możesz ich zmienić.
====== Dostępne zasoby i oprogramowanie ======

IBE dysponuje serwerem dedykowanym do obliczeń.

===== Zasoby =====
   * 16 rdzeni po 2.7 GHz
   * 64 GB RAM-u
   * <del>wirtualizowane Windows 7, którym można w miarę potrzeby użyczyć powyższych zasobów</del>

===== Dostępne oprogramowanie =====
   * R 3.0
   * Stata 12 - niestety tylko 1-rdzeniowa;
   * Mplus 7 - w porozumieniu z Tomkiem Żółtakiem (bo to jego prywatny)
   * OpenBugs 3.2.2
   * Pod wirtualizowanym Windows 7:
     * R 3.0
     * Stata 12 - niestety tylko 1-rdzeniową
     * co tak kto jeszcze wgrał

====== Dostęp ======

Serwer działa pod linuksem i ** nie udostępnia żadnego graficznego interfejsu użytkownika **.

Dostęp jest możliwy poprzez:
   * poprzez SSH/SFTP
   * R także przez www - [[https://rstudio.ibe.edu.pl]]

**Aby korzystać z serwera niezbędne jest założenie konta** - w tym celu skontaktuj się z Mateuszem Żółtakiem (m.zoltak@ibe.edu.pl)

===== Jak połączyć się przez SSH? =====

==== Pod Windowsami ====

  * Ściągnij klienta SSH, np. program [[http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/download.html|putty]]
  * Zdefiniuj połączenie (tylko przy pierwszym uruchomieniu):
    * //Host name// "ibe.edu.pl",
    * //Port// "7122",
    * //Connection type// "SSH"
    * Na liście po lewej wybierz //Windows->Translation//, a następnie z listy rozwijalnej //Remote character set// "UTF-8"
    * Wróć do pierwszego ekranu (//Session// na liście po lewej)
    * W pole "Saved sessions" wpisz nazwę, pod jaką chcesz zapisać to połączenie (np. //odra//), a następnie zapisz ustawienia przyciskiem "Save".
  * Połącz się z serwerem klikając dwukrotnie w zapisane połączenie na liście "Saved sessions"
  * Wpisz swój login
  * Wpisz hasło

==== Pod linuksem ====

  * Z konsoli wydaj komendę<code>ssh -p 7122 TwójLogin@ibe.edu.pl</code>
  * Wpisz hasło

===== Jak uruchamiać programy? =====

Co do zasady wystarczy wpisać nazwę programu, np.<code>Stata
OpenBUGS
mplus</code>

Z innych przydatnych komend dostępnych na konsoli:
  * //ls//, //ls -l//, //ls NazwaKatalogu// - listuje pliki i katalogi
  * //cd NazwaKatalogu// - zmienia katalog roboczy (//..// oznacza "katalog wyżej")
  * //rm NazwaPliku// - usuwa plik
  * //rm -fR NazwaKatalogu// - usuwa katalog
  * //mkdir NazwaKatalogu// - tworzy katalog
  * //cp NazwaPliku NazwaCelu// - kopiuje pliki
  * //cp -R NazwaPliku NazwaCelu// - kopiuje katalog z całą zawartością
  * //mv NazwaPliku NazwaCelu// - przenosi pliki/katalogi
  * //less NazwaPliku// - przegląda plik tylko do odczytu
    * strzałkami, PgUp, PgDn można przesuwać się w pliku
    * //q// wraca do konsoli
    * //:NumerLinii// przechodzi do wskazanej linii
    * ///szukaj// wyszukuje frazę "szukaj" w pliku
  * //nano NazwaPliku// - przyjazny edytor tekstu
  * //vi NazwaPliku//, //emacs NazwaPliku// - hackerskie edytory tekstu :)
Pisząc <code>man Komenda</code> można obejrzeć pomoc dla danego programu (wychodzi się z niej klawiszem //q//).
Więcej o korzystaniu z konsoli można łatwo znaleźć w googlu.

===== Jak przesłać pliki przez SFTP? =====

Aby przesłać pliki przez SFTP należy skorzystać z programu obsługującego ten protokół, np. [[http://winscp.net/eng/download.php|WinSCP]] lub [[https://filezilla-project.org/download.php?type=client|FileZilla]].

Dane połączenia (serwer, port, login, hasło) są takie same, jak przy połączeniu SSH.

Programy te działają, jak każdy program do przesyłania plików - po jednej stronie mamy pliki na naszym komputerze, po drugiej na serwerze, przeciągają pliki i katalogi pomiędzy lewą i prawą stroną przesyłamy je na serwer lub z serwera.

===== Jak uruchomić obliczenia, by nie zostały przerwane w momencie zakończenia sesji SSH? =====

Wraz z zamknięciem połączenia SSH zamykane są wszystkie programy, które zostały w nim uruchomione. Aby się tak nie działo, należy //odłączyć// uruchamiany program od połączenia SSH. Służy do tego program **screen**.

==== Uruchamianie programu screen ====

  * Aby otworzyć sesję programu **screen** wpisz po prostu komendę<code>screen</code>
  * Wyświetlony zostanie ekran z informacjami o programie, który można zamknąć naciskając //spację// lub //enter//.
  * W tym momencie wyświetlana jest zwyczajna konsola umożliwiająca wydawanie komend i uruchamianie programów, z tą różnicą, że **nawet po zamknięciu połączenia SSH uruchomione programy będą dalej działać**.

==== Opuszczanie programu screen ====

  * Sesję programu **screen** można w każdej chwili opuścić wracając do "pierwotnej" konsoli, z którą połączyliśmy się przez SSH (oczywiście wszystkie uruchomione w sesji **screen** programy będą nadal działać).
    * Aby to zrobić, naciśnij kominację klawiszy //CTRL+A//, a następnie klawisz //D//.
  * Aby na dobre zakończyć sesję programu **screen** wydaj będąc w tej sesji komendę<code>exit</code>

==== Wracanie do sesji programu screen ====

  * Do opuszczonej sesji programu **screen** można w każdej chwili wrócić wydając komendę<code>screen -r</code>
  * Jeśli uruchomiłeś kilka sesji programu **screen** i nie będzie jednoznaczne, do której z nich chcesz wrócić, wyświetlona zostanie lista dostępnych sesji, identyfikowanych numerami, podobna do tej<code>There are several suitable screens on:
	13080.pts-1.localhost	(09.06.2013 16:32:24)	(Detached)
	13035.pts-1.localhost	(09.06.2013 16:32:21)	(Detached)
	12897.pts-1.localhost	(09.06.2013 16:31:42)	(Detached)
Type "screen [-d] -r [pid.]tty.host" to resume one of them.
</code>. Aby wrócić do wybranej sesji należy wydać komendę<code>screen -r NumerSesji</code>np., odnosząc się do powyższego przykładu<code>screen -r 13080</code>
   * Jeśli sesja programu **screen** została zerwana w tragicznych okolicznościach (np. poprzez zerwanie połączenia z internetem), a nie poprzez kulturalne odłączenie się od niej sekwencją //CTRL+A//, //D//, wtedy aby powrócić do zerwanej sesji niezbędne będzie najpierw jej odłączenie od poprzedniego, utraconego połączenia, do czego służy komenda <code>screen -D</code>
     * Analogicznie jak w wypadku komendy //screen -r//, jeśli uruchomionych jest wiele sesji **screen**, trzeba będzie wskazać numer tej właściwej (patrz poprzedni punkt).
     * Po poprawnym odłączeniu utraconej sesji można do niej wrócić komendą //screen -r// - patrz punkt wyżej.
====== Dostęp do wirtualizowanych Windows 7 ======

<del>Do wirtualki z Windows 7 można się dostać na dwa sposoby:</del>
  - <del>przez RDP (a więc w szczególności //pulpit zdalny Windows//)</del>
    * <del>pod adresem 10.0.1.71</del>
    * <del>tylko z sieci lokalnej IBE (trzeba być w IBE lub połączyć się z siecią lokalną IBE przez VPN)</del>
  - <del>przez VNC \\ tunelując przez SSH (patrz opis dostępu przez SSH w poprzednim rozdziale) port 5900 serwera obliczeniowego na komputer lokalny, a następnie łącząc się przez VNC z adresem 127.0.0.1:5901</del>
    * <del>pod linuksem: <code>ssh -L 5901:127.0.0.1:5900 -p 7122 TwójLogin@ibe.edu.pl</code></del>
    * <del>w Putty-m</del>
      * <del>w drzewku po lewej stronie odszukać //Connection->SSH->Tunnels//</del>
      * <del>wpisać w pole "source port" wartość "5901", w pole "destination" wartość "127.0.0.1:5900" i zdefiniować tunel przyciskiem "add"</del>
      * <del>pozostałe ustawienia, jak w wypadku zwykłego połączenia opisanego w poprzednim rozdziale</del>

<del>Klienta VNC i/lub RDP można bez problemu znaleźć za pomocą googla (w szczególności zaś //pulpit zdalny Windows// jest klientem RDP).</del>

====== Uwagi do oprogramowania ======

===== Mplus =====

  - Aby skorzystać z wielordzeniowości w Mplusie pod linuksem, należy dopisać do sekcji **ANALYSIS** pliku //.inp// polecenie <code>PROCESSORS IS liczbaRdzeni;</code>
  - Testy wykazały, że zwiększanie liczby rdzeni ponad 5 nie daje już prawie żadnego skrócenia czasu wykonywania obliczeń i **optymalna liczba rdzeni to od 3 do 5** (co pozwala skrócić czas obliczeń, podczas których Mplus wykorzystuje wielordzeniowość do, odpowiednio ok. 55%, 44%, 38% czasu ich wykonywania na jednym rdzeniu)

====== Wysyłanie maila powiadamiającego o końcu obliczeń ======

Aby przesłać sobie powiadomienie o zakończeniu obliczeń mailem należy wywołać na konsoli program //mail//, korzystające ze stosownego polecenia w używanym programie statystycznym, np.
  * w //R//<code>system("echo 'tresc maila' | mail -s 'temat wiadomosci' adres@email")</code>
  * w Stacie<code>! echo 'tresc maila' | mail -s 'temat wiadomosci' adres@email</code>
  * w Mplus-ie - wywołać Mplus-a komendą<code>mplus plikWsadowy; echo 'tresc maila' | mail -s 'temat wiadomosci' adres@email</code>
Zespół Pomiaru Dydaktycznego

Narzędzia użytkownika

Narzędzia witryny

Narzędzia strony
