Narzędzia użytkownika

Narzędzia witryny


odra

Różnice

Różnice między wybraną wersją a wersją aktualną.

Odnośnik do tego porównania

Both sides previous revision Poprzednia wersja
Nowa wersja
Poprzednia wersja
odra [2013/12/14 09:58]
zozlak [vi]
odra [2014/10/09 10:24]
zozlak [Dostępne oprogramowanie]
Linia 6: Linia 6:
    * 16 rdzeni po 2.7 GHz    * 16 rdzeni po 2.7 GHz
    * 64 GB RAM-u    * 64 GB RAM-u
-   * <​del>​wirtualizowane Windows 7, którym można w miarę potrzeby użyczyć powyższych zasobów</​del>​ 
  
 ===== Dostępne oprogramowanie ===== ===== Dostępne oprogramowanie =====
-   * R 3.0 +   * R 3.1 
-   * Stata 12 - niestety tylko 1-rdzeniowa;​ +   * Stata 13 
-   * Mplus 7 - w porozumieniu z Tomkiem Żółtakiem (bo to jego prywatny)+   * Mplus 7.3
    * Jags 3.4.0    * Jags 3.4.0
-   * Pod wirtualizowanym Windows 7: 
-     * R 3.0 
-     * Stata 12 - niestety tylko 1-rdzeniową 
-     * co tak kto jeszcze wgrał 
  
 ====== Dostęp ====== ====== Dostęp ======
Linia 28: Linia 23:
 **Aby korzystać z serwera niezbędne jest założenie konta** - w tym celu skontaktuj się z Mateuszem Żółtakiem (m.zoltak@ibe.edu.pl) **Aby korzystać z serwera niezbędne jest założenie konta** - w tym celu skontaktuj się z Mateuszem Żółtakiem (m.zoltak@ibe.edu.pl)
  
-===== Jak połączyć się przez SSH? =====+====== Jak korzystać z serwera ​przez SSH/SFTP======
  
-==== Pod Windowsami ====+Poniżej znajduje się zestaw porad dla początkujących użytkowników.
  
-  * Ściągnij klienta SSH, np. program [[http://​www.chiark.greenend.org.uk/​~sgtatham/​putty/​download.html|putty]] +===== Problemy wynikające różnic między systemami operacyjnymi =====
-  * Zdefiniuj połączenie (tylko przy pierwszym uruchomieniu):​ +
-    * //Host name// "​ibe.edu.pl",​ +
-    * //Port// "​7122",​ +
-    * //​Connection type// "​SSH"​ +
-    * Na liście po lewej wybierz //​Windows->​Translation//,​ a następnie ​listy rozwijalnej //Remote character set// "​UTF-8"​ +
-    * Wróć do pierwszego ekranu (//​Session//​ na liście po lewej) +
-    * W pole "Saved sessions"​ wpisz nazwę, pod jaką chcesz zapisać to połączenie (np. //odra//), a następnie zapisz ustawienia przyciskiem "​Save"​. +
-  * Połącz się z serwerem klikając dwukrotnie w zapisane połączenie na liście "Saved sessions"​ +
-  * Wpisz swój login +
-  * Wpisz hasło+
  
-==== Pod linuksem ​====+Odra działa pod linuksem, który od Windowsów różni się w kilku uciążliwych szczegółach:​ 
 +  * [[znaki_nowej_linii|sposobem zapisu znaków końca nowej linii]]; 
 +  * [[kodowanie_znakow|kodowaniem znaków narodowych]];​ 
 +  * [[notacja sciezek|sposobem notowania ścieżek do plików]]. 
 +Aby bezproblemowo przenosić i wykonywać skrypty pomiędzy swoim komputerem a odrą, trzeba zdawać sobie sprawę z tych różnic i stosownie je przygotowywać.
  
-  * Z konsoli wydaj komendę<​code>​ssh -p 7122 TwójLogin@ibe.edu.pl</​code>​ +===== Podstawowe czynności =====
-  * Wpisz hasło+
  
-===== Jak na konsoli ​kopiować i wklejać? =====+  * [[polaczenie_ssh|Łączenie się przez SSH]] 
 +    * [[konsola_kopiowanie|Kopiowanie i wklejanie ​na konsoli]] 
 +    * [[konsola_autouzupelnianie|Autouzupełnianie na konsoli]] 
 +    * [[konsola_znaki_specjalne|Wprowadzanie znaków specjalnych (spacji, cudzysłowów,​ itp.) na konsoli]]
  
-==== Pod linuksem ====+  * [[sftp|Przesyłanie plików i katalogów przez SFTP]] 
 +  * [[operacje_na_plikach|Operacje na plikach i katalogach na serwerze]]
  
-Stosownie do konfiguracji terminala, z którego korzystasz (np. w gnome-terminalu domyślnie //​CTRL+SHIFT+C//​ i //​CTRL+SHIFT+V//​).+  * [[konsola_pomoc|Uzyskiwanie pomocy na konsoli]]
  
-==== Pod Windowsami (w putty-m) ====+  * [[uruchamianie_programow|Uruchamianie programów]] 
 +    * [[screen|Uruchamianie programów tak, by nie kończyły działania wraz z zamknięciem sesji SSH]] 
 +    * [[konczenie_dzialania_programow|Kończenie działania programów]] 
 +    * [[zuzycie_zasobow|Obserwowanie zużycia zasobów]] 
 +    * [[konsola_skrypty|Uruchamianie kilku poleceń jedno po drugim]] 
 +    * [[powiadomienia_mailem|Powiadamianie o zakończeniu pracy programu mailem/sms-em]]
  
-  * Kopiowanie:​ +  * [[edycja_plikow|Edycja ​plików]]
-    * Zaznaczamy myszką i już, tekst automatycznie i magicznie jest już w schowku +
-  * Wklejanie:​ +
-    * Klikamy prawym przyciskiem myszy - tekst zostanie wklejony w miejscu, gdzie aktualnie jest kursor. +
- +
-===== Klątwa znaków końca linii (tylko użytkownicy Windowsów i Maców) ===== +
- +
-Pod Windowsami, Unixami (czyli także Linuksem) i na Macach inaczej oznaczany jest znak końca linii w plikach tekstowych:​ +
-  * pod Windowsami jest to kombinacja znaków //powrotu karetki (\r)// i //nowej linii (\n)//; +
-  * pod Unixami jest to znak //nowej linii (\n)//; +
-  * na Macach jest to znak //powrotu karetki (\r)//. +
-[To taka zaszłość historyczna - jeśli pamiętacie maszynę do pisania, to tam aby zacząć pisać w nowej linii trzeba było powrócić głowicą do początku linii (powrót karetki) i przewinąć papier do następnej linii (nowa linia) i zestaw znaków, który pierwotnie opracowano dla dalekopisów (ASCII) zawierał obydwa te "​znaki"​. Potem tenże zestaw znaków został przejęty w komputerach,​ tyle że niestety w niejednolity sposób.] +
- +
-Powoduje to, że **kopiując spod Windowsów do konsoli putty-ego całą linię wstawiamy tam jeden znak więcej niż potrzeba**. +
-  * Nie musi to niczemu szkodzić - znak //powrotu karetki// będzie przez większość programów pomijany jako //znak niedrukowalny//​. +
-  * Ale może, jeśli dany program nie będzie wystarczająco inteligentny,​ aby je pominąć. W szczególności jak dotąd zdiagnozowano,​ że (//\r// oznacza poniżej znak powrotu karetki): +
-    * Mplus, gdy wydać mu komendę <​code>​mplus plikWe.in plikWy.out\r</​code>​utworzy plik wyjściowy, którego nazwa będzie zawierać znak powrotu karetki. Plik taki będzie potem trudny do manipulowania z poziomu konsoli i niemożliwy do pobrania przez SFTP. +
- +
-==== Jak sobie radzić? ==== +
- +
-Sposobów jest kilka: +
-  * podczas przesyłania plików przez SFTP konwersja powinna zachodzić automatycznie;​ +
-  * każdy szanujący się edytor tekstu (//​Notatnik//​ do nich nie należy) umożliwia konwersję pomiędzy windowsowym i unixowym sposobem zapisu znaków końca linii i można z tej funkcji skorzystać;​ +
-  * wklejając polecenia na konsolę starajmy się nie wklejać znaków końca linii. +
- +
-===== Jak wykonywać na konsoli podstawowe operacje na plikach i katalogach? ===== +
- +
-==== Czysta konsola ==== +
- +
- +
-Jeśli ktoś pamięta jeszcze //DOS-a//, to wie, o co chodzi :) : +
-  * //ls//, //ls -l//, //ls NazwaKatalogu//​ - listuje pliki i katalogi (w obecnym lub wskazanym katalogu);​ +
-  * //cd NazwaKatalogu//​ - zmienia katalog roboczy (//..// oznacza "​katalog wyżej"​) +
-  * //rm NazwaPliku//​ - usuwa plik +
-  * //rm -fR NazwaKatalogu//​ - usuwa katalog +
-  * //mkdir NazwaKatalogu//​ - tworzy katalog +
-  * //cp NazwaPliku NazwaCelu// - kopiuje pliki +
-  * //cp -R NazwaPliku NazwaCelu// - kopiuje katalog z całą zawartością +
-  * //mv NazwaPliku NazwaCelu// - przenosi pliki/​katalogi lub zmienia nazwę pliku +
-Więcej o działaniu każdej z tych komend można się dowiedzieć wpisując <​code>​man KOMENDA</​code>​Z przeglądarki pomocy wychodzimy naciskając //q//. +
- +
-=== Midnight Commander === +
- +
-Jeśli ktoś pamięta jeszcze //DOS-a//, to na pewno pamięta Norton Commandera lub Midnight Commandera. \\ +
-Jeśli nie, to może przynajmniej widział Total Commandera :) +
- +
-Generalnie jest to pseudograficzny (bo w istocie tekstowy) menadżer plików, który dla wielu jest dużo łatwiejszy w obsłudze niż zwykła konsola. +
- +
-Uruchamia się go komendą <​code>​mc</​code>​ +
- +
-===== Autouzupełnianie na konsoli ===== +
- +
-**Konsola dysponuje automatycznym uzupełnianiem **  +
-  * Jeśli piszemy nazwę komendy i naciśniemy //TAB//, to  +
-    * albo komenda zostanie automatycznie uzupełniona (jeśli fragment nazwy komendy, który już wpisaliśmy pozwala jednoznacznie zidentyfikować komendę);​ +
-    * albo zostanie wyświetlona lista komend pasujących do nazwy, którą wpisaliśmy. +
-  * Jeśli wpisujemy nazwę pliku lub katalogu i naciśniemy //TAB//, to +
-    * albo zostanie ona automatycznie uzupełniona (jeśli fragment, który już wpisaliśmy pozwala jednoznacznie określić plik/​katalog);​ +
-    * albo wyświetlona zostanie lista pasujących plików/​katalogów. +
- +
-===== Jak uruchamiać programy? ===== +
- +
-Co do zasady wystarczy wpisać nazwę programu, np.<​code>​Stata +
-jags +
-mplus</​code>​ +
- +
- +
-===== Jak zakończyć działanie programu ===== +
- +
-Czasem zdarzy się, że uruchomiliśmy jakieś obliczenia, których wyliczenie się zajmie tydzień, a po chwili dochodzimy do wniosku, że coś tam jednak jest nie tak i chcielibyśmy przed czasem skończyć działanie programu. Czasem też program może się zawiesić i po prostu chcielibyśmy go ubić. Można to zrobić na dwa sposoby: +
- +
-  * Będąc w tej samej konsoli (lub sesji programu //screen//, jeśli uruchomiliśmy program w sesji //screen//) co działający program użyć kombinacji klawiszy <​code>​CTRL+C</​code>​. +
-  * Będąc w wolnej konsoli wydać komendę <​code>​kill PID</​code>,​ a jeśli to nie pomoże, to <​code>​kill -9 PID</​code>​Jak uzyskać PID programu dowiesz się z pytania //Jak obserwować zużycie zasobów?//​ +
- +
-===== Jak obserwować zużycie zasobów? ===== +
- +
-Odra dysponuje sporymi zasobami (16 rdzeni, 64 GB RAM-u), ale one też się kończą. Jeśli akurat pechowo trafimy na moment, w którym Tomek albo Bartek skalują egzaminy, to może się okazać, że brakuje wolnego RAM-u. Jeśli akurat Karolina i Paulina odpalą równolegle 14 modeli motywacji, to może się okazać, że brakuje wolnego procesora. Itd. +
- +
-W związku z tym **zanim odpalimy jakieś czasochłonne/​pamięciochłonne obliczenia, należy upewnić się, że na serwerze są dostępne stosowne zasoby**. +
- +
-Podobnie jeśli nie wiemy, ile zasobów zużyją nasze obliczenia, powinniśmy to obserwować i odpowiednio reagować, gdyby okazało się, że zaczynają zakłócać prace uruchomione już wcześniej przez innych. +
- +
-Do monitorowania zasobów służą dwa narzędzia opisane poniżej +
- +
-==== top ==== +
- +
-Program //top// wyświetla odświeżaną na bieżąco listę działających programów. +
-W kolejnych kolumnach wyświetla on informacje o: +
-  * PID - identyfikatorze działającego programu w systemie);​ +
-  * USER - użytkowniku,​ który uruchomił program; +
-  * PR i NI- priorytecie programu (kombinacja wartości 20 i 0 oznacza normalny priorytet);​ +
-  * VIRT, RES, SHR - różnych rodzajach pamięci zużywanej przez program; +
-  * S - statusie programu (R - pracuje, S - śpi); +
-  * %CPU i %MEM - ilości zużywanego procesora i pamięci (100% procesora to jeden rdzeń, więc mogą tu występować wartości powyżej 100); +
-  * TIME+ - czasie działania programu (liczonym w czasie procesora, a więc gdy program nie wykorzystuje procesora, wtedy ten czas nie wzrasta); +
-  * COMMAND - nazwie programu. +
- +
-Z przydatnych komend sterujących jego działaniem:​ +
-  * //h// - wyświetla pomoc; +
-  * //1// - przełącza prezentację zajętości procesora ze zagregowanej na w podziale na rdzenie; +
-  * //u// - pozwala odfiltrować programy wskazanego użytkownika;​ +
-  * //L// - pozwala odfiltrować programy, których nazwa pasuje do wzorca; +
-  * //>// i //<// - zmienia kolumnę sortowania;​ +
-  * //x// - podświetla aktualnie sortowaną kolumnę. +
- +
-==== ps ==== +
- +
-Program //ps// działa podobnie do //top//, ale wyświetla tylko stan na tu i teraz i kończy działanie. Wywołuje się go komendą <​code>​ps -au</​code>​. Lista kolumn jest bardzo podobna do //top//: +
-  * USER - użytkownik,​który uruchomił program; +
-  * PID - identyfikator działającego programu w systemie; +
-  * %CPU, %MEM - procesor i pamięć zużywane przez program w procentach;​ +
-  * VSZ, RSS - ilość różnych rodzajów pamięci zużywanych przez program; +
-  * TTY - identyfikator konsoli, na której program został uruchomiony;​ +
-  * STAT - status programu; +
-  * START - data uruchomienia programu; +
-  * TIME - czas procesora zużyty na działanie programu; +
-  * COMMAND - pełna komenda, którą uruchomiono program +
- +
-Aby odfiltrować to, co zwraca //ps// wygodnie użyć jest komendy //grep//, np.<​code>​ps -au | grep mplus</​code>​odfiltruje tylko te linijki, które zawierają frazę //mplus// (chcę obejrzeć tylko to, kto obecnie używa mplusa), a <​code>​ps -au | grep zozlak</​code>​ tylko te, które zawierają frazę //zozlak// (czyli chcę obejrzeć tylko programy uruchomione przeze mnie). +
- +
-===== Jak przesłać pliki przez SFTP? ===== +
- +
-Aby przesłać pliki przez SFTP należy skorzystać z programu obsługującego ten protokół, np. [[http://​winscp.net/​eng/​download.php|WinSCP]] lub [[https://​filezilla-project.org/​download.php?​type=client|FileZilla]]. +
- +
-Dane połączenia (serwer, port, login, hasło) są takie same, jak przy połączeniu SSH. +
- +
-Programy te działają, jak każdy program do przesyłania ​plików ​- po jednej stronie mamy pliki na naszym komputerze, po drugiej na serwerze, przeciągają pliki i katalogi pomiędzy lewą i prawą stroną przesyłamy je na serwer lub z serwera. +
- +
-===== Jak uruchomić obliczenia, by nie zostały przerwane w momencie zakończenia sesji SSH? ===== +
- +
-Wraz z zamknięciem połączenia SSH zamykane są wszystkie programy, które zostały w nim uruchomione. Aby się tak nie działo, należy //​odłączyć//​ uruchamiany program od połączenia SSH. Służy do tego program **screen**. +
- +
-==== Uruchamianie programu screen ==== +
- +
-  * Aby otworzyć sesję programu **screen** wpisz po prostu komendę<​code>​screen</​code>​ +
-  * Wyświetlony zostanie ekran z informacjami o programie, który można zamknąć naciskając //spację// lub //​enter//​. +
-  * W tym momencie wyświetlana jest zwyczajna konsola umożliwiająca wydawanie komend i uruchamianie programów, z tą różnicą, że **nawet po zamknięciu połączenia SSH uruchomione programy będą dalej działać**. +
- +
-==== Opuszczanie programu screen ==== +
- +
-  * Sesję programu **screen** można w każdej chwili opuścić wracając do "​pierwotnej"​ konsoli, z którą połączyliśmy się przez SSH (oczywiście wszystkie uruchomione w sesji **screen** programy będą nadal działać). +
-    * Aby to zrobić, naciśnij kominację klawiszy //CTRL+A//, a następnie klawisz //D//. +
-  * Aby na dobre zakończyć sesję programu **screen** wydaj będąc w tej sesji komendę<​code>​exit</​code>​ +
- +
-==== Wracanie do sesji programu screen ==== +
- +
-  * Do opuszczonej sesji programu **screen** można w każdej chwili wrócić wydając komendę<​code>​screen -r</​code>​ +
-  * Jeśli uruchomiłeś kilka sesji programu **screen** i nie będzie jednoznaczne,​ do której z nich chcesz wrócić, wyświetlona zostanie lista dostępnych sesji, identyfikowanych numerami, podobna do tej<​code>​There are several suitable screens on: +
- 13080.pts-1.localhost (09.06.2013 16:​32:​24) (Detached) +
- 13035.pts-1.localhost (09.06.2013 16:​32:​21) (Detached) +
- 12897.pts-1.localhost (09.06.2013 16:​31:​42) (Detached) +
-Type "​screen [-d-r [pid.]tty.host"​ to resume one of them. +
-</​code>​. Aby wrócić do wybranej sesji należy wydać komendę<​code>​screen -r NumerSesji</​code>​np.,​ odnosząc się do powyższego przykładu<​code>​screen -r 13080</​code>​ +
-   * Jeśli sesja programu **screen** została zerwana w tragicznych okolicznościach (np. poprzez zerwanie połączenia z internetem),​ a nie poprzez kulturalne odłączenie się od niej sekwencją //CTRL+A//, //D//, wtedy aby powrócić do zerwanej sesji niezbędne będzie najpierw jej odłączenie od poprzedniego,​ utraconego połączenia,​ do czego służy komenda <​code>​screen -D</​code>​ +
-     * Analogicznie jak w wypadku komendy //screen -r//, jeśli uruchomionych jest wiele sesji **screen**, trzeba będzie wskazać numer tej właściwej (patrz poprzedni punkt). +
-     * Po poprawnym odłączeniu utraconej sesji można do niej wrócić komendą //screen -r// - patrz punkt wyżej. +
- +
-===== Jak edytować pliki z poziomu konsoli ===== +
- +
-**Porzućcie wszelką nadzieję Ci, którzy chcielibyście edytować pliki inne niż //​tekstowe//​.** \\ Pliki //​tekstowe//​ to: +
-  * w dobrym przybliżeniu te, które otwiera //​Notatnik//;​ +
-  * w szczególności plikami //​tekstowymi są//: +
-    * wszystkie kody Mplusa, Staty, R, itp.; +
-    * pliki csv; +
-  * w szczególności pliki //​tekstowymi//​ nie są: +
-    * pliki doc, docx, xls, xlsx, ppt, pptx, itp.; +
-    * pliki dta, sav, itp. +
- +
-Na konsoli dostępnych jest wiele edytorów tekstu - poniżej wspominam te najważniejsze. +
- +
-==== less ==== +
- +
-//Less// służy tylko do przeglądania plików, nie umożliwia ich edycji. Uruchamia się go trywialnie<​code>​less NAZWA_PLIKU</​code>​W tak otwartym pliku można: +
-  * przemieszczać się strzałkami;​ +
-  * wrócić do konsoli wciskając //q//; +
-  * przejść do konkretnej linii - wpisując //:​NUMER_LINII//​ i naciskając //​ENTER//;​ +
-  * wyszukać frazę - wpisując ///fraza// i naciskając //ENTER// +
-    * to samo wyszukiwanie można powtórzyć wpisując ///// i zatwierzając //​ENTER-em//​. +
- +
-==== nano ==== +
- +
-Nano przypadnie do gustu wszystkim początkującym - pisze się tu całkowicie normalnie, a na dole ekranu znajduje się ściągawka dostępnych komend, gdzie składnia //^ZNAK// oznacza po prostu //​CTRL+ZNAK//​. Nic dodać, nic ująć. +
- +
-==== vi ==== +
- +
-Najbardziej hackerski edytor tekstu - tylko na własną odpowiedzialność. Z najważniejszych rzeczy na starcie: +
-  * //vi// pracuje w jednym z dwóch trybów: +
-    * //​wprowadzania//​ - w tym trybie można pisać; +
-    * //​poleceń//​ - w tym trybie działa wyszukiwanie,​ kopiowanie i wklejanie, zapis, itp. +
-  * do trybu //​wprowadzania//​ przechodzi się naciskając //i// lub //a//; +
-  * do trybu //​poleceń//​ przechodzi się naciskając //ESC// +
-  * w trybie //​poleceń//​ dostępne są komendy: +
-    * //:syntax on// - włącza kolorowanie składni; +
-    * //:​NR_LINII//​ - przechodzi do wskazanej linii; +
-    * ///fraza// - wyszukuje podaną frazę; +
-    * /// // - wyszukuje ostatnio wyszukiwaną frazę; +
-    * //dd// - wycina do schowka aktualną linię (służy też do usuwania linii); +
-    * //yy// - kopuje do schowka aktualną linię; +
-    * //dNd//, //yNy//, gdzie N to liczba wierszy - wycina/​kopiuje wskazaną liczbę wierszy; +
-    * //p// - wkleja zawartość schowka poniżej aktualnej linii; +
-    * //s/CO/NA CO/// - zamiena pierwsze CO na NA CO w bieżącej linii; +
-    * //s/CO/NA CO/g// - zamienia wszystkie CO na NA CO w bieżącej linii; +
-    * //%s/CO/NA CO/g// - zamienia CO na NA CO w całym pliku; +
-    * //w// - zapisuje plik; +
-    * //q!// - zamyka //vi//. +
-Więcej na temat korzystania z //vi// w internecie. +
- +
-==== emacs ==== +
- +
-Kultowy edytor napisany przez samego Richarda Stallmana. Nie korzystam, więc mogę tylko odesłać do internetu. +
- +
-===== Wysyłanie maila powiadamiającego o końcu obliczeń ===== +
- +
-Aby przesłać sobie powiadomienie o zakończeniu obliczeń mailem należy wywołać na konsoli program //mail//, korzystające ze stosownego polecenia w używanym programie statystycznym,​ np. +
-  * w //​R//<​code>​system("​echo 'tresc maila' | mail -s 'temat wiadomosci'​ adres@email"​)</​code>​ +
-  * w Stacie<​code>​! echo 'tresc maila' | mail -s 'temat wiadomosci'​ adres@email</​code>​ +
-  * w Mplus-ie - wywołać Mplus-a komendą<​code>​mplus plikWsadowy;​ echo 'tresc maila' | mail -s 'temat wiadomosci'​ adres@email</​code>​+
  
 ====== Uwagi do oprogramowania ====== ====== Uwagi do oprogramowania ======
  
-===== Mplus ===== +  ​[[Mplus]] 
- +  * [[JAGS]]
-  - Aby skorzystać z wielordzeniowości w Mplusie pod linuksem, należy dopisać do sekcji ​**ANALYSIS** pliku //.inp// polecenie <​code>​PROCESSORS IS liczbaRdzeni;</​code>​ +
-  - Testy wykazały, że zwiększanie liczby rdzeni ponad 5 nie daje już prawie żadnego skrócenia czasu wykonywania obliczeń i **optymalna liczba rdzeni to od 3 do 5** (co pozwala skrócić czas obliczeń, podczas których ​Mplus wykorzystuje wielordzeniowość do, odpowiednio ok. 55%, 44%, 38% czasu ich wykonywania na jednym rdzeniu) +
- +
-===== JAGS ====== +
- +
-==== Dlaczego nie BUGS? ==== +
- +
-**BUGS jest trefny!!!** \\  +
-Tak się stało, że //BUGS// został napisany w martwym języku programowania. Martwym, tzn. takim, że: +
-  * nie ma programistów,​ którzy umieją w nim programować;​ +
-  * nie ma środowisk programistycznych (w szczególności nie ma żadnego debugera) wspierających pisanie w tym jęzuku; +
-  * prawie nie ma kompilatorów tego języka, a te, które są, trudno traktować poważnie. +
- +
-Powoduje to, że: +
-  * BUGS-a obecnie nikt nie rozwija i nie poprawia błędów, które zostały w nim znalezione;​ +
-  * BUGS (jak sama nazwa wskazuje) zawiera błędy; +
-  * BUGS ma skopaną arytmetykę zmiennoprzecinkową:​ +
-    * Filip dysponuje prostym, a działającym na wyobraźnię przykładem,​ gdzie BUGS nie umie posumować do 1 prostego ciągu liczb, które do 1 się sumują; +
-    * o fuszerkę podejrzewałbym raczej kompilator niż twórców BUGS-a; +
-    * ale niezależnie,​ kto zawinił, liczyć się na tym nie da. +
- +
-==== JAGS ==== +
- +
-JAGS to generalnie BUGS przepisany do współczesnego języka programowania (C++) dla którego istnieją:​ +
-  * programiści;​ +
-  * środowiska programistyczne,​ debugery, freymworki, itp.; +
-  * sprawdzone kompilatory. +
- +
-JAGS posługuje się tym samym językiem, co BUGS (skrypty Filipa napisane pod BUGS-a działały pod JAGS-em bez żadnych zmian). +
- +
-Istnieją pakiety umożliwiające wywoływanie JAGS-a z poziomu R (gdzie łatwiej sobie przygotować dane i potem obrobić wyniki). +
- +
-====== Dostęp do wirtualizowanych Windows 7 ====== +
- +
-<​del>​Do wirtualki z Windows 7 można się dostać na dwa sposoby:</​del>​ +
-  - <​del>​przez RDP (a więc w szczególności //pulpit zdalny Windows//​)</​del>​ +
-    * <​del>​pod adresem 10.0.1.71</​del>​ +
-    * <​del>​tylko z sieci lokalnej IBE (trzeba być w IBE lub połączyć się z siecią lokalną IBE przez VPN)</​del>​ +
-  - <​del>​przez VNC \\ tunelując przez SSH (patrz opis dostępu przez SSH w poprzednim rozdziale) port 5900 serwera obliczeniowego na komputer lokalny, a następnie łącząc się przez VNC z adresem 127.0.0.1:​5901</​del>​ +
-    * <​del>​pod linuksem: <​code>​ssh -L 5901:​127.0.0.1:​5900 -p 7122 TwójLogin@ibe.edu.pl</​code></​del>​ +
-    * <​del>​w Putty-m</​del>​ +
-      * <​del>​w drzewku po lewej stronie odszukać //​Connection->​SSH->​Tunnels//</​del>​ +
-      * <​del>​wpisać w pole "​source port" wartość "​5901",​ w pole "​destination"​ wartość "​127.0.0.1:​5900"​ i zdefiniować tunel przyciskiem "​add"</​del>​ +
-      * <​del>​pozostałe ustawienia, jak w wypadku zwykłego połączenia opisanego w poprzednim rozdziale</​del>​ +
- +
-<​del>​Klienta VNC i/lub RDP można bez problemu znaleźć za pomocą googla (w szczególności zaś //pulpit zdalny Windows// jest klientem RDP).</​del>​+
  
odra.txt · ostatnio zmienione: 2014/10/09 10:24 przez zozlak