Różnice

Różnice między wybraną wersją a wersją aktualną.

--- odra [2013/09/10 22:24]
zozlak [Wracanie do sesji programu screen]
+++ odra [2014/05/14 23:19]
zozlak [Dostępne oprogramowanie]
@@ Linia 6: / Linia 6: @@
    * 16 rdzeni po 2.7 GHz
    * 64 GB RAM-u
-   * <del>wirtualizowane Windows 7, którym można w miarę potrzeby użyczyć powyższych zasobów</del>
 ===== Dostępne oprogramowanie =====
-   * R 3.0
+   * R 3.1
-   * Stata 12 - niestety tylko 1-rdzeniowa;
+   * Stata 13
-   * Mplus 7 - w porozumieniu z Tomkiem Żółtakiem (bo to jego prywatny)
+   * Mplus 7.2
-   * OpenBugs 3.2.2
+   * Jags 3.4.0
-   * Pod wirtualizowanym Windows 7:
-     * R 3.0
-     * Stata 12 - niestety tylko 1-rdzeniową
-     * co tak kto jeszcze wgrał
 ====== Dostęp ======
@@ Linia 28: / Linia 23: @@
 **Aby korzystać z serwera niezbędne jest założenie konta** - w tym celu skontaktuj się z Mateuszem Żółtakiem (m.zoltak@ibe.edu.pl)
-===== Jak połączyć się przez SSH? =====
+====== Jak korzystać z serwera przez SSH/SFTP? ======
-==== Pod Windowsami ====
+Poniżej znajduje się zestaw porad dla początkujących użytkowników.
-  * Ściągnij klienta SSH, np. program [[http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/download.html|putty]]
+===== Problemy wynikające z różnic między systemami operacyjnymi =====
-  * Zdefiniuj połączenie (tylko przy pierwszym uruchomieniu):
-    * //Host name// "ibe.edu.pl",
-    * //Port// "7122",
-    * //Connection type// "SSH"
-    * Na liście po lewej wybierz //Windows->Translation//, a następnie z listy rozwijalnej //Remote character set// "UTF-8"
-    * Wróć do pierwszego ekranu (//Session// na liście po lewej)
-    * W pole "Saved sessions" wpisz nazwę, pod jaką chcesz zapisać to połączenie (np. //odra//), a następnie zapisz ustawienia przyciskiem "Save".
-  * Połącz się z serwerem klikając dwukrotnie w zapisane połączenie na liście "Saved sessions"
-  * Wpisz swój login
-  * Wpisz hasło
-==== Pod linuksem ====
+Odra działa pod linuksem, który od Windowsów różni się w kilku uciążliwych szczegółach:
+  * [[znaki_nowej_linii|sposobem zapisu znaków końca nowej linii]];
+  * [[kodowanie_znakow|kodowaniem znaków narodowych]];
+  * [[notacja sciezek|sposobem notowania ścieżek do plików]].
+Aby bezproblemowo przenosić i wykonywać skrypty pomiędzy swoim komputerem a odrą, trzeba zdawać sobie sprawę z tych różnic i stosownie je przygotowywać.
-  * Z konsoli wydaj komendę<code>ssh -p 7122 TwójLogin@ibe.edu.pl</code>
+===== Podstawowe czynności =====
-  * Wpisz hasło
-===== Jak uruchamiać programy? =====
+  * [[polaczenie_ssh|Łączenie się przez SSH]]
+    * [[konsola_kopiowanie|Kopiowanie i wklejanie na konsoli]]
+    * [[konsola_autouzupelnianie|Autouzupełnianie na konsoli]]
+    * [[konsola_znaki_specjalne|Wprowadzanie znaków specjalnych (spacji, cudzysłowów, itp.) na konsoli]]
-Co do zasady wystarczy wpisać nazwę programu, np.<code>Stata
+  * [[sftp|Przesyłanie plików i katalogów przez SFTP]]
-OpenBUGS
+  * [[operacje_na_plikach|Operacje na plikach i katalogach na serwerze]]
-mplus</code>
-Z innych przydatnych komend dostępnych na konsoli:
+  * [[konsola_pomoc|Uzyskiwanie pomocy na konsoli]]
-  * //ls//, //ls -l//, //ls NazwaKatalogu// - listuje pliki i katalogi
-  * //cd NazwaKatalogu// - zmienia katalog roboczy (//..// oznacza "katalog wyżej")
-  * //rm NazwaPliku// - usuwa plik
-  * //rm -fR NazwaKatalogu// - usuwa katalog
-  * //mkdir NazwaKatalogu// - tworzy katalog
-  * //cp NazwaPliku NazwaCelu// - kopiuje pliki
-  * //cp -R NazwaPliku NazwaCelu// - kopiuje katalog z całą zawartością
-  * //mv NazwaPliku NazwaCelu// - przenosi pliki/katalogi
-  * //less NazwaPliku// - przegląda plik tylko do odczytu
-    * strzałkami, PgUp, PgDn można przesuwać się w pliku
-    * //q// wraca do konsoli
-    * //:NumerLinii// przechodzi do wskazanej linii
-    * ///szukaj// wyszukuje frazę "szukaj" w pliku
-  * //nano NazwaPliku// - przyjazny edytor tekstu
-  * //vi NazwaPliku//, //emacs NazwaPliku// - hackerskie edytory tekstu :)
-Pisząc <code>man Komenda</code> można obejrzeć pomoc dla danego programu (wychodzi się z niej klawiszem //q//).
-Więcej o korzystaniu z konsoli można łatwo znaleźć w googlu.
-===== Jak przesłać pliki przez SFTP? =====
+  * [[uruchamianie_programow|Uruchamianie programów]]
+    * [[screen|Uruchamianie programów tak, by nie kończyły działania wraz z zamknięciem sesji SSH]]
+    * [[konczenie_dzialania_programow|Kończenie działania programów]]
+    * [[zuzycie_zasobow|Obserwowanie zużycia zasobów]]
+    * [[konsola_skrypty|Uruchamianie kilku poleceń jedno po drugim]]
+    * [[powiadomienia_mailem|Powiadamianie o zakończeniu pracy programu mailem/sms-em]]
-Aby przesłać pliki przez SFTP należy skorzystać z programu obsługującego ten protokół, np. [[http://winscp.net/eng/download.php|WinSCP]] lub [[https://filezilla-project.org/download.php?type=client|FileZilla]].
+  * [[edycja_plikow|Edycja plików]]
-Dane połączenia (serwer, port, login, hasło) są takie same, jak przy połączeniu SSH.
-Programy te działają, jak każdy program do przesyłania plików - po jednej stronie mamy pliki na naszym komputerze, po drugiej na serwerze, przeciągają pliki i katalogi pomiędzy lewą i prawą stroną przesyłamy je na serwer lub z serwera.
-===== Jak uruchomić obliczenia, by nie zostały przerwane w momencie zakończenia sesji SSH? =====
-Wraz z zamknięciem połączenia SSH zamykane są wszystkie programy, które zostały w nim uruchomione. Aby się tak nie działo, należy //odłączyć// uruchamiany program od połączenia SSH. Służy do tego program **screen**.
-==== Uruchamianie programu screen ====
-  * Aby otworzyć sesję programu **screen** wpisz po prostu komendę<code>screen</code>
-  * Wyświetlony zostanie ekran z informacjami o programie, który można zamknąć naciskając //spację// lub //enter//.
-  * W tym momencie wyświetlana jest zwyczajna konsola umożliwiająca wydawanie komend i uruchamianie programów, z tą różnicą, że **nawet po zamknięciu połączenia SSH uruchomione programy będą dalej działać**.
-==== Opuszczanie programu screen ====
-  * Sesję programu **screen** można w każdej chwili opuścić wracając do "pierwotnej" konsoli, z którą połączyliśmy się przez SSH (oczywiście wszystkie uruchomione w sesji **screen** programy będą nadal działać).
-    * Aby to zrobić, naciśnij kominację klawiszy //CTRL+A//, a następnie klawisz //D//.
-  * Aby na dobre zakończyć sesję programu **screen** wydaj będąc w tej sesji komendę<code>exit</code>
-==== Wracanie do sesji programu screen ====
-  * Do opuszczonej sesji programu **screen** można w każdej chwili wrócić wydając komendę<code>screen -r</code>
-  * Jeśli uruchomiłeś kilka sesji programu **screen** i nie będzie jednoznaczne, do której z nich chcesz wrócić, wyświetlona zostanie lista dostępnych sesji, identyfikowanych numerami, podobna do tej<code>There are several suitable screens on:
-.pts-1.localhost	(09.06.2013 16:32:24)	(Detached)
-.pts-1.localhost	(09.06.2013 16:32:21)	(Detached)
-.pts-1.localhost	(09.06.2013 16:31:42)	(Detached)
-Type "screen [-d] -r [pid.]tty.host" to resume one of them.
-</code>. Aby wrócić do wybranej sesji należy wydać komendę<code>screen -r NumerSesji</code>np., odnosząc się do powyższego przykładu<code>screen -r 13080</code>
-   * Jeśli sesja programu **screen** została zerwana w tragicznych okolicznościach (np. poprzez zerwanie połączenia z internetem), a nie poprzez kulturalne odłączenie się od niej sekwencją //CTRL+A//, //D//, wtedy aby powrócić do zerwanej sesji niezbędne będzie najpierw jej odłączenie od poprzedniego, utraconego połączenia, do czego służy komenda <code>screen -D</code>
-     * Analogicznie jak w wypadku komendy //screen -r//, jeśli uruchomionych jest wiele sesji **screen**, trzeba będzie wskazać numer tej właściwej (patrz poprzedni punkt).
-     * Po poprawnym odłączeniu utraconej sesji można do niej wrócić komendą //screen -r// - patrz punkt wyżej.
-====== Dostęp do wirtualizowanych Windows 7 ======
-<del>Do wirtualki z Windows 7 można się dostać na dwa sposoby:</del>
-  - <del>przez RDP (a więc w szczególności //pulpit zdalny Windows//)</del>
-    * <del>pod adresem 10.0.1.71</del>
-    * <del>tylko z sieci lokalnej IBE (trzeba być w IBE lub połączyć się z siecią lokalną IBE przez VPN)</del>
-  - <del>przez VNC \\ tunelując przez SSH (patrz opis dostępu przez SSH w poprzednim rozdziale) port 5900 serwera obliczeniowego na komputer lokalny, a następnie łącząc się przez VNC z adresem 127.0.0.1:5901</del>
-    * <del>pod linuksem: <code>ssh -L 5901:127.0.0.1:5900 -p 7122 TwójLogin@ibe.edu.pl</code></del>
-    * <del>w Putty-m</del>
-      * <del>w drzewku po lewej stronie odszukać //Connection->SSH->Tunnels//</del>
-      * <del>wpisać w pole "source port" wartość "5901", w pole "destination" wartość "127.0.0.1:5900" i zdefiniować tunel przyciskiem "add"</del>
-      * <del>pozostałe ustawienia, jak w wypadku zwykłego połączenia opisanego w poprzednim rozdziale</del>
-<del>Klienta VNC i/lub RDP można bez problemu znaleźć za pomocą googla (w szczególności zaś //pulpit zdalny Windows// jest klientem RDP).</del>
 ====== Uwagi do oprogramowania ======
-===== Mplus =====
+  * [[Mplus]]
+  * [[JAGS]]
-  - Aby skorzystać z wielordzeniowości w Mplusie pod linuksem, należy dopisać do sekcji **ANALYSIS** pliku //.inp// polecenie <code>PROCESSORS IS liczbaRdzeni;</code>
-  - Testy wykazały, że zwiększanie liczby rdzeni ponad 5 nie daje już prawie żadnego skrócenia czasu wykonywania obliczeń i **optymalna liczba rdzeni to od 3 do 5** (co pozwala skrócić czas obliczeń, podczas których Mplus wykorzystuje wielordzeniowość do, odpowiednio ok. 55%, 44%, 38% czasu ich wykonywania na jednym rdzeniu)
-====== Wysyłanie maila powiadamiającego o końcu obliczeń ======
-Aby przesłać sobie powiadomienie o zakończeniu obliczeń mailem należy wywołać na konsoli program //mail//, korzystające ze stosownego polecenia w używanym programie statystycznym, np.
-  * w //R//<code>system("echo 'tresc maila' | mail -s 'temat wiadomosci' adres@email")</code>
-  * w Stacie<code>! echo 'tresc maila' | mail -s 'temat wiadomosci' adres@email</code>
-  * w Mplus-ie - wywołać Mplus-a komendą<code>mplus plikWsadowy; echo 'tresc maila' | mail -s 'temat wiadomosci' adres@email</code>

Zespół Pomiaru Dydaktycznego

Narzędzia użytkownika

Narzędzia witryny

Różnice

Narzędzia strony