Różnice między wybraną wersją a wersją aktualną.
Both sides previous revision Poprzednia wersja Nowa wersja | Poprzednia wersja Ostatnia wersja Both sides next revision | ||
odra [2013/09/10 22:24] zozlak [Wracanie do sesji programu screen] |
odra [2014/05/14 23:19] zozlak [Dostępne oprogramowanie] |
||
---|---|---|---|
Linia 6: | Linia 6: | ||
* 16 rdzeni po 2.7 GHz | * 16 rdzeni po 2.7 GHz | ||
* 64 GB RAM-u | * 64 GB RAM-u | ||
- | * <del>wirtualizowane Windows 7, którym można w miarę potrzeby użyczyć powyższych zasobów</del> | ||
===== Dostępne oprogramowanie ===== | ===== Dostępne oprogramowanie ===== | ||
- | * R 3.0 | + | * R 3.1 |
- | * Stata 12 - niestety tylko 1-rdzeniowa; | + | * Stata 13 |
- | * Mplus 7 - w porozumieniu z Tomkiem Żółtakiem (bo to jego prywatny) | + | * Mplus 7.2 |
- | * OpenBugs 3.2.2 | + | * Jags 3.4.0 |
- | * Pod wirtualizowanym Windows 7: | + | |
- | * R 3.0 | + | |
- | * Stata 12 - niestety tylko 1-rdzeniową | + | |
- | * co tak kto jeszcze wgrał | + | |
====== Dostęp ====== | ====== Dostęp ====== | ||
Linia 28: | Linia 23: | ||
**Aby korzystać z serwera niezbędne jest założenie konta** - w tym celu skontaktuj się z Mateuszem Żółtakiem (m.zoltak@ibe.edu.pl) | **Aby korzystać z serwera niezbędne jest założenie konta** - w tym celu skontaktuj się z Mateuszem Żółtakiem (m.zoltak@ibe.edu.pl) | ||
- | ===== Jak połączyć się przez SSH? ===== | + | ====== Jak korzystać z serwera przez SSH/SFTP? ====== |
- | ==== Pod Windowsami ==== | + | Poniżej znajduje się zestaw porad dla początkujących użytkowników. |
- | * Ściągnij klienta SSH, np. program [[http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/download.html|putty]] | + | ===== Problemy wynikające z różnic między systemami operacyjnymi ===== |
- | * Zdefiniuj połączenie (tylko przy pierwszym uruchomieniu): | + | |
- | * //Host name// "ibe.edu.pl", | + | |
- | * //Port// "7122", | + | |
- | * //Connection type// "SSH" | + | |
- | * Na liście po lewej wybierz //Windows->Translation//, a następnie z listy rozwijalnej //Remote character set// "UTF-8" | + | |
- | * Wróć do pierwszego ekranu (//Session// na liście po lewej) | + | |
- | * W pole "Saved sessions" wpisz nazwę, pod jaką chcesz zapisać to połączenie (np. //odra//), a następnie zapisz ustawienia przyciskiem "Save". | + | |
- | * Połącz się z serwerem klikając dwukrotnie w zapisane połączenie na liście "Saved sessions" | + | |
- | * Wpisz swój login | + | |
- | * Wpisz hasło | + | |
- | ==== Pod linuksem ==== | + | Odra działa pod linuksem, który od Windowsów różni się w kilku uciążliwych szczegółach: |
+ | * [[znaki_nowej_linii|sposobem zapisu znaków końca nowej linii]]; | ||
+ | * [[kodowanie_znakow|kodowaniem znaków narodowych]]; | ||
+ | * [[notacja sciezek|sposobem notowania ścieżek do plików]]. | ||
+ | Aby bezproblemowo przenosić i wykonywać skrypty pomiędzy swoim komputerem a odrą, trzeba zdawać sobie sprawę z tych różnic i stosownie je przygotowywać. | ||
- | * Z konsoli wydaj komendę<code>ssh -p 7122 TwójLogin@ibe.edu.pl</code> | + | ===== Podstawowe czynności ===== |
- | * Wpisz hasło | + | |
- | ===== Jak uruchamiać programy? ===== | + | * [[polaczenie_ssh|Łączenie się przez SSH]] |
+ | * [[konsola_kopiowanie|Kopiowanie i wklejanie na konsoli]] | ||
+ | * [[konsola_autouzupelnianie|Autouzupełnianie na konsoli]] | ||
+ | * [[konsola_znaki_specjalne|Wprowadzanie znaków specjalnych (spacji, cudzysłowów, itp.) na konsoli]] | ||
- | Co do zasady wystarczy wpisać nazwę programu, np.<code>Stata | + | * [[sftp|Przesyłanie plików i katalogów przez SFTP]] |
- | OpenBUGS | + | * [[operacje_na_plikach|Operacje na plikach i katalogach na serwerze]] |
- | mplus</code> | + | |
- | Z innych przydatnych komend dostępnych na konsoli: | + | * [[konsola_pomoc|Uzyskiwanie pomocy na konsoli]] |
- | * //ls//, //ls -l//, //ls NazwaKatalogu// - listuje pliki i katalogi | + | |
- | * //cd NazwaKatalogu// - zmienia katalog roboczy (//..// oznacza "katalog wyżej") | + | |
- | * //rm NazwaPliku// - usuwa plik | + | |
- | * //rm -fR NazwaKatalogu// - usuwa katalog | + | |
- | * //mkdir NazwaKatalogu// - tworzy katalog | + | |
- | * //cp NazwaPliku NazwaCelu// - kopiuje pliki | + | |
- | * //cp -R NazwaPliku NazwaCelu// - kopiuje katalog z całą zawartością | + | |
- | * //mv NazwaPliku NazwaCelu// - przenosi pliki/katalogi | + | |
- | * //less NazwaPliku// - przegląda plik tylko do odczytu | + | |
- | * strzałkami, PgUp, PgDn można przesuwać się w pliku | + | |
- | * //q// wraca do konsoli | + | |
- | * //:NumerLinii// przechodzi do wskazanej linii | + | |
- | * ///szukaj// wyszukuje frazę "szukaj" w pliku | + | |
- | * //nano NazwaPliku// - przyjazny edytor tekstu | + | |
- | * //vi NazwaPliku//, //emacs NazwaPliku// - hackerskie edytory tekstu :) | + | |
- | Pisząc <code>man Komenda</code> można obejrzeć pomoc dla danego programu (wychodzi się z niej klawiszem //q//). | + | |
- | Więcej o korzystaniu z konsoli można łatwo znaleźć w googlu. | + | |
- | ===== Jak przesłać pliki przez SFTP? ===== | + | * [[uruchamianie_programow|Uruchamianie programów]] |
+ | * [[screen|Uruchamianie programów tak, by nie kończyły działania wraz z zamknięciem sesji SSH]] | ||
+ | * [[konczenie_dzialania_programow|Kończenie działania programów]] | ||
+ | * [[zuzycie_zasobow|Obserwowanie zużycia zasobów]] | ||
+ | * [[konsola_skrypty|Uruchamianie kilku poleceń jedno po drugim]] | ||
+ | * [[powiadomienia_mailem|Powiadamianie o zakończeniu pracy programu mailem/sms-em]] | ||
- | Aby przesłać pliki przez SFTP należy skorzystać z programu obsługującego ten protokół, np. [[http://winscp.net/eng/download.php|WinSCP]] lub [[https://filezilla-project.org/download.php?type=client|FileZilla]]. | + | * [[edycja_plikow|Edycja plików]] |
- | + | ||
- | Dane połączenia (serwer, port, login, hasło) są takie same, jak przy połączeniu SSH. | + | |
- | + | ||
- | Programy te działają, jak każdy program do przesyłania plików - po jednej stronie mamy pliki na naszym komputerze, po drugiej na serwerze, przeciągają pliki i katalogi pomiędzy lewą i prawą stroną przesyłamy je na serwer lub z serwera. | + | |
- | + | ||
- | ===== Jak uruchomić obliczenia, by nie zostały przerwane w momencie zakończenia sesji SSH? ===== | + | |
- | + | ||
- | Wraz z zamknięciem połączenia SSH zamykane są wszystkie programy, które zostały w nim uruchomione. Aby się tak nie działo, należy //odłączyć// uruchamiany program od połączenia SSH. Służy do tego program **screen**. | + | |
- | + | ||
- | ==== Uruchamianie programu screen ==== | + | |
- | + | ||
- | * Aby otworzyć sesję programu **screen** wpisz po prostu komendę<code>screen</code> | + | |
- | * Wyświetlony zostanie ekran z informacjami o programie, który można zamknąć naciskając //spację// lub //enter//. | + | |
- | * W tym momencie wyświetlana jest zwyczajna konsola umożliwiająca wydawanie komend i uruchamianie programów, z tą różnicą, że **nawet po zamknięciu połączenia SSH uruchomione programy będą dalej działać**. | + | |
- | + | ||
- | ==== Opuszczanie programu screen ==== | + | |
- | + | ||
- | * Sesję programu **screen** można w każdej chwili opuścić wracając do "pierwotnej" konsoli, z którą połączyliśmy się przez SSH (oczywiście wszystkie uruchomione w sesji **screen** programy będą nadal działać). | + | |
- | * Aby to zrobić, naciśnij kominację klawiszy //CTRL+A//, a następnie klawisz //D//. | + | |
- | * Aby na dobre zakończyć sesję programu **screen** wydaj będąc w tej sesji komendę<code>exit</code> | + | |
- | + | ||
- | ==== Wracanie do sesji programu screen ==== | + | |
- | + | ||
- | * Do opuszczonej sesji programu **screen** można w każdej chwili wrócić wydając komendę<code>screen -r</code> | + | |
- | * Jeśli uruchomiłeś kilka sesji programu **screen** i nie będzie jednoznaczne, do której z nich chcesz wrócić, wyświetlona zostanie lista dostępnych sesji, identyfikowanych numerami, podobna do tej<code>There are several suitable screens on: | + | |
- | 13080.pts-1.localhost (09.06.2013 16:32:24) (Detached) | + | |
- | 13035.pts-1.localhost (09.06.2013 16:32:21) (Detached) | + | |
- | 12897.pts-1.localhost (09.06.2013 16:31:42) (Detached) | + | |
- | Type "screen [-d] -r [pid.]tty.host" to resume one of them. | + | |
- | </code>. Aby wrócić do wybranej sesji należy wydać komendę<code>screen -r NumerSesji</code>np., odnosząc się do powyższego przykładu<code>screen -r 13080</code> | + | |
- | * Jeśli sesja programu **screen** została zerwana w tragicznych okolicznościach (np. poprzez zerwanie połączenia z internetem), a nie poprzez kulturalne odłączenie się od niej sekwencją //CTRL+A//, //D//, wtedy aby powrócić do zerwanej sesji niezbędne będzie najpierw jej odłączenie od poprzedniego, utraconego połączenia, do czego służy komenda <code>screen -D</code> | + | |
- | * Analogicznie jak w wypadku komendy //screen -r//, jeśli uruchomionych jest wiele sesji **screen**, trzeba będzie wskazać numer tej właściwej (patrz poprzedni punkt). | + | |
- | * Po poprawnym odłączeniu utraconej sesji można do niej wrócić komendą //screen -r// - patrz punkt wyżej. | + | |
- | ====== Dostęp do wirtualizowanych Windows 7 ====== | + | |
- | + | ||
- | <del>Do wirtualki z Windows 7 można się dostać na dwa sposoby:</del> | + | |
- | - <del>przez RDP (a więc w szczególności //pulpit zdalny Windows//)</del> | + | |
- | * <del>pod adresem 10.0.1.71</del> | + | |
- | * <del>tylko z sieci lokalnej IBE (trzeba być w IBE lub połączyć się z siecią lokalną IBE przez VPN)</del> | + | |
- | - <del>przez VNC \\ tunelując przez SSH (patrz opis dostępu przez SSH w poprzednim rozdziale) port 5900 serwera obliczeniowego na komputer lokalny, a następnie łącząc się przez VNC z adresem 127.0.0.1:5901</del> | + | |
- | * <del>pod linuksem: <code>ssh -L 5901:127.0.0.1:5900 -p 7122 TwójLogin@ibe.edu.pl</code></del> | + | |
- | * <del>w Putty-m</del> | + | |
- | * <del>w drzewku po lewej stronie odszukać //Connection->SSH->Tunnels//</del> | + | |
- | * <del>wpisać w pole "source port" wartość "5901", w pole "destination" wartość "127.0.0.1:5900" i zdefiniować tunel przyciskiem "add"</del> | + | |
- | * <del>pozostałe ustawienia, jak w wypadku zwykłego połączenia opisanego w poprzednim rozdziale</del> | + | |
- | + | ||
- | <del>Klienta VNC i/lub RDP można bez problemu znaleźć za pomocą googla (w szczególności zaś //pulpit zdalny Windows// jest klientem RDP).</del> | + | |
====== Uwagi do oprogramowania ====== | ====== Uwagi do oprogramowania ====== | ||
- | ===== Mplus ===== | + | * [[Mplus]] |
- | + | * [[JAGS]] | |
- | - Aby skorzystać z wielordzeniowości w Mplusie pod linuksem, należy dopisać do sekcji **ANALYSIS** pliku //.inp// polecenie <code>PROCESSORS IS liczbaRdzeni;</code> | + | |
- | - Testy wykazały, że zwiększanie liczby rdzeni ponad 5 nie daje już prawie żadnego skrócenia czasu wykonywania obliczeń i **optymalna liczba rdzeni to od 3 do 5** (co pozwala skrócić czas obliczeń, podczas których Mplus wykorzystuje wielordzeniowość do, odpowiednio ok. 55%, 44%, 38% czasu ich wykonywania na jednym rdzeniu) | + | |
- | + | ||
- | ====== Wysyłanie maila powiadamiającego o końcu obliczeń ====== | + | |
- | Aby przesłać sobie powiadomienie o zakończeniu obliczeń mailem należy wywołać na konsoli program //mail//, korzystające ze stosownego polecenia w używanym programie statystycznym, np. | ||
- | * w //R//<code>system("echo 'tresc maila' | mail -s 'temat wiadomosci' adres@email")</code> | ||
- | * w Stacie<code>! echo 'tresc maila' | mail -s 'temat wiadomosci' adres@email</code> | ||
- | * w Mplus-ie - wywołać Mplus-a komendą<code>mplus plikWsadowy; echo 'tresc maila' | mail -s 'temat wiadomosci' adres@email</code> |