Aby otrzymać polskie znaki w raportach rmarkdown eksportowanych do PDF należy:

• Upewnić się, że mamy pakiet rmarkdown w wersji co najmniej 0.5.1 (czyli ściągany po 26 stycznia 2015).
• W opcjach eksportu do pdf na samym początku raportu dopisać `dev: cairo_pdf`, np.:

  ---
  title: "Mój raport"
  date: 2015.02.07
  output:
    pdf_document:
      dev: cairo_pdf
  ---
  
  Treść raportu...

Na marginesie w analogiczny sposób (ustawiając `dev: svg` w `html_document:`) można uzyskać wykresy SVG przy eksporcie do HTML.

• Wymuszenie strony kodowej używanej przez funkcję pdf():

  pdf.options(encoding = 'CP1250')

  • Szybko, prosto i przyjemnie.
  • Nie wystarczy, jeśli mamy pecha i na wykresie używamy znaków z kilku kodowań (np. znaków polskich i któregoś z krajów bałtyckich).

• Wymuszenie korzystania przy generacji raportów do PDF (i tylko wtedy) z funkcji cairo_pdf():

    if(opts_knit$get('rmarkdown.pandoc.to') == 'latex'){ # czy eksport do PDF
      cairo = capabilities()['cairo']
      if(cairo %in% TRUE){ # czy dostępna funkcja cairo_pdf()?
        opts_chunk$set('dev' = 'cairo_pdf')
      }else{
        pdf.options(encoding = 'CP1250') # jeśli nie, zastosuj pierwszą metodę
      }
    }

Przedstawiony powyżej kod wstawiamy przed pierwszym wykresem w szablonie markdown (a najlepiej w ogóle na początku dokumentu).