Używanie funkcji message(), choć jest skądinąd dobrą praktyką przy pisaniu funkcji (bo osoba je wywołująca - w szczególności w ramach innych funkcji - może przy pomocy funkcji suppressMessages() zablokować ich wyświetlanie), we wstawkach R w rmarkdown może dawać niepożądane rezultaty. Jeśli w ramach wstawki (chunk) jednocześnie generujesz kodem tekst, który ma być pokazany użytkownikowi oraz wykresy, to użycie funkcji message() do pokazywania tekstu z dużym prawdopodobieństwem doprowadzi do zaburzenia kolejności pomiędzy tekstem a wykresami (już na poziomie generowania pliku .md). Zapewne ma to jakiś związek z tym, że message() zwraca wynik działania do stderr(), a nie do stdout().
W związku z tym we wstawkach R w ramach rmarkdown zalecamy zastępowanie funkcji message() funkcją cat() (cat() zwraca wynik działania do stdout() i nie powoduje problemów).
Warto przy tym pamiętać o różnicach pomiędzy message() a cut():